Быстрый алгоритм b-сплайна с numpy/scipy

Мне нужно вычислить 3D bspline кривые в python. Я посмотрел на Сципиона.интерполировать.splprep и несколько других модулей scipy, но не смогли найти ничего, что легко дало бы мне то, что мне нужно. Поэтому я написал свой собственный модуль ниже. Код работает нормально, но он медленный (тестовая функция работает в 0.03 s, что кажется большим, учитывая, что я прошу только 100 образцов с 6 контрольными вершинами).

есть ли способ упростить код ниже с помощью нескольких вызовов модуля scipy, которые предположительно ускорить? А если нет, то что я могу сделать с моим кодом, чтобы улучшить его производительность?

import numpy as np

# cv = np.array of 3d control vertices
# n = number of samples (default: 100)
# d = curve degree (default: cubic)
# closed = is the curve closed (periodic) or open? (default: open)
def bspline(cv, n=100, d=3, closed=False):

    # Create a range of u values
    count = len(cv)
    knots = None
    u = None
    if not closed:
        u = np.arange(0,n,dtype='float')/(n-1) * (count-d)
        knots = np.array([0]*d + range(count-d+1) + [count-d]*d,dtype='int')
    else:
        u = ((np.arange(0,n,dtype='float')/(n-1) * count) - (0.5 * (d-1))) % count # keep u=0 relative to 1st cv
        knots = np.arange(0-d,count+d+d-1,dtype='int')


    # Simple Cox - DeBoor recursion
    def coxDeBoor(u, k, d):

        # Test for end conditions
        if (d == 0):
            if (knots[k] <= u and u < knots[k+1]):
                return 1
            return 0

        Den1 = knots[k+d] - knots[k]
        Den2 = knots[k+d+1] - knots[k+1]
        Eq1  = 0;
        Eq2  = 0;

        if Den1 > 0:
            Eq1 = ((u-knots[k]) / Den1) * coxDeBoor(u,k,(d-1))
        if Den2 > 0:
            Eq2 = ((knots[k+d+1]-u) / Den2) * coxDeBoor(u,(k+1),(d-1))

        return Eq1 + Eq2


    # Sample the curve at each u value
    samples = np.zeros((n,3))
    for i in xrange(n):
        if not closed:
            if u[i] == count-d:
                samples[i] = np.array(cv[-1])
            else:
                for k in xrange(count):
                    samples[i] += coxDeBoor(u[i],k,d) * cv[k]

        else:
            for k in xrange(count+d):
                samples[i] += coxDeBoor(u[i],k,d) * cv[k%count]


    return samples




if __name__ == "__main__":
    import matplotlib.pyplot as plt
    def test(closed):
        cv = np.array([[ 50.,  25.,  -0.],
               [ 59.,  12.,  -0.],
               [ 50.,  10.,   0.],
               [ 57.,   2.,   0.],
               [ 40.,   4.,   0.],
               [ 40.,   14.,  -0.]])

        p = bspline(cv,closed=closed)
        x,y,z = p.T
        cv = cv.T
        plt.plot(cv[0],cv[1], 'o-', label='Control Points')
        plt.plot(x,y,'k-',label='Curve')
        plt.minorticks_on()
        plt.legend()
        plt.xlabel('x')
        plt.ylabel('y')
        plt.xlim(35, 70)
        plt.ylim(0, 30)
        plt.gca().set_aspect('equal', adjustable='box')
        plt.show()

    test(False)

два изображения ниже показывают, что мой код возвращает с обоими закрытыми условиями: Open curve Closed curve

2 ответов


Итак, после одержимости много о моем вопросе, и много исследований, я, наконец, мой ответ. Все доступно в scipy, и я помещаю свой код здесь, так что, надеюсь, кто-то еще может найти это полезным.

функция принимает массив из N-d точек, степень кривой, периодическое состояние (открытое или закрытое) и возвращает n образцов вдоль этой кривой. Есть способы убедиться, что образцы кривых равноудалены, но пока я сосредоточусь на этом вопросе, так как это все о скорости.

достойно внимания: я не могу, кажется, быть в состоянии выйти за кривую 20-й степени. Конечно, это уже перебор, но я подумал, что стоит упомянуть.

также стоит отметить: на моей машине код ниже может рассчитать 100 000 образцов в 0.017 s

import numpy as np
import scipy.interpolate as si


def bspline(cv, n=100, degree=3, periodic=False):
    """ Calculate n samples on a bspline

        cv :      Array ov control vertices
        n  :      Number of samples to return
        degree:   Curve degree
        periodic: True - Curve is closed
                  False - Curve is open
    """

    # If periodic, extend the point array by count+degree+1
    cv = np.asarray(cv)
    count = len(cv)

    if periodic:
        factor, fraction = divmod(count+degree+1, count)
        cv = np.concatenate((cv,) * factor + (cv[:fraction],))
        count = len(cv)
        degree = np.clip(degree,1,degree)

    # If opened, prevent degree from exceeding count-1
    else:
        degree = np.clip(degree,1,count-1)


    # Calculate knot vector
    kv = None
    if periodic:
        kv = np.arange(0-degree,count+degree+degree-1)
    else:
        kv = np.clip(np.arange(count+degree+1)-degree,0,count-degree)

    # Calculate query range
    u = np.linspace(periodic,(count-degree),n)


    # Calculate result
    return np.array(si.splev(u, (kv,cv.T,degree))).T

чтобы проверить это:

import matplotlib.pyplot as plt
colors = ('b', 'g', 'r', 'c', 'm', 'y', 'k')

cv = np.array([[ 50.,  25.],
   [ 59.,  12.],
   [ 50.,  10.],
   [ 57.,   2.],
   [ 40.,   4.],
   [ 40.,   14.]])

plt.plot(cv[:,0],cv[:,1], 'o-', label='Control Points')

for d in range(1,21):
    p = bspline(cv,n=100,degree=d,periodic=True)
    x,y = p.T
    plt.plot(x,y,'k-',label='Degree %s'%d,color=colors[d%len(colors)])

plt.minorticks_on()
plt.legend()
plt.xlabel('x')
plt.ylabel('y')
plt.xlim(35, 70)
plt.ylim(0, 30)
plt.gca().set_aspect('equal', adjustable='box')
plt.show()

результаты как для открытых, так и для периодических кривые:

Opened curve Periodic (closed) curve

дополнительное соглашение

по состоянию на scipy-0.19.0 есть новый scipy.интерполировать.BSpline функция, которую можно использовать.

import numpy as np
import scipy.interpolate as si
def scipy_bspline(cv, n=100, degree=3, periodic=False):
    """ Calculate n samples on a bspline

        cv :      Array ov control vertices
        n  :      Number of samples to return
        degree:   Curve degree
        periodic: True - Curve is closed
    """
    cv = np.asarray(cv)
    count = cv.shape[0]

    # Closed curve
    if periodic:
        kv = np.arange(-degree,count+degree+1)
        factor, fraction = divmod(count+degree+1, count)
        cv = np.roll(np.concatenate((cv,) * factor + (cv[:fraction],)),-1,axis=0)
        degree = np.clip(degree,1,degree)

    # Opened curve
    else:
        degree = np.clip(degree,1,count-1)
        kv = np.clip(np.arange(count+degree+1)-degree,0,count-degree)

    # Return samples
    max_param = count - (degree * (1-periodic))
    spl = si.BSpline(kv, cv, degree)
    return spl(np.linspace(0,max_param,n))

проверка на эквивалентность:

p1 = bspline(cv,n=10**6,degree=3,periodic=True) # 1 million samples: 0.0882 sec
p2 = scipy_bspline(cv,n=10**6,degree=3,periodic=True) # 1 million samples: 0.0789 sec
print np.allclose(p1,p2) # returns True

предоставление советов по оптимизации без профилирования данных немного похоже на съемку в темноте. Однако, функция coxDeBoor кажется, называется очень часто. Здесь я бы начал оптимизацию.

вызовы функций в Python дорогие. Вы должны попытаться заменить coxDeBoor рекурсия с итерацией, чтобы избежать чрезмерных вызовов функций. Некоторые общие сведения о том, как это сделать, можно найти в ответах на этот вопрос. В качестве стека/очереди вы можете использовать collections.deque.