Есть ли функция добавления результатов тестирования aov post-hoc в ggplot2 boxplot?

Я хотел бы добавить результаты Tukey.HSD post-hoc тест на ggplot2 коробчатой диаграммы. это так ответ содержит ручной пример того, что я хочу (т. е. буквы на графике были добавлены вручную; группы, которые разделяют букву, неразличимы, p>что угодно).

enter image description here

есть ли автоматическая функция добавления таких букв в boxplot, основанная на aov и tukey HSD post-hoc analyis?

Я думаю, было бы не слишком сложно написать такое функция. Это выглядело бы примерно так:--8--> 

set.seed(0)
lev <- gl(3, 10)
y <- c(rnorm(10), rnorm(10) + 0.1, rnorm(10) + 3)
d <- data.frame(lev=lev, y=y)

p_base <- ggplot(d, aes(x=lev, y=y)) + geom_boxplot() 

a <- aov(y~lev, data=d)
tHSD <- TukeyHSD(a)

# Function to generate a data frame of factor levels and corresponding labels
generate_label_df <- function(HSD, factor_levels) {
  comparisons <- rownames(HSD$l)
  p.vals <- HSD$l[ , "p adj"]

  ## Somehow create a vector of letters
  labels <- # A vector of letters, one for each factor level, generated using `comparisons` and `p.vals`
  letter_df <- data.frame(lev=factor_levels, labels=labels)
  letter_df
}

# Add the labels to the plot
p_base + 
  geom_text(data=generate_label_df(tHSD), aes(x=l, y=0, label=labels))

Я понимаю, что

10
ggplot2 r

1 ответов

вы можете использовать "multcompLetters" из пакета "multcompView" для создания букв гомологичных групп после теста Tukey HSD. Оттуда нужно извлечь метки групп, соответствующие каждому фактору, проверенному в HSD Tukey, а также верхний квантиль, отображаемый в boxplot, чтобы поместить метку чуть выше этого уровня.

library(plyr)
library(ggplot2)
library(multcompView)

set.seed(0)
lev <- gl(3, 10)
y <- c(rnorm(10), rnorm(10) + 0.1, rnorm(10) + 3)
d <- data.frame(lev=lev, y=y)

a <- aov(y~lev, data=d)
tHSD <- TukeyHSD(a, ordered = FALSE, conf.level = 0.95)

generate_label_df <- function(HSD, flev){
 # Extract labels and factor levels from Tukey post-hoc 
 Tukey.levels <- HSD[[flev]][,4]
 Tukey.labels <- multcompLetters(Tukey.levels)['Letters']
 plot.labels <- names(Tukey.labels[['Letters']])

 # Get highest quantile for Tukey's 5 number summary and add a bit of space to buffer between    
 # upper quantile and label placement
    boxplot.df <- ddply(d, flev, function (x) max(fivenum(x$y)) + 0.2)

 # Create a data frame out of the factor levels and Tukey's homogenous group letters
  plot.levels <- data.frame(plot.labels, labels = Tukey.labels[['Letters']],
     stringsAsFactors = FALSE)

 # Merge it with the labels
   labels.df <- merge(plot.levels, boxplot.df, by.x = 'plot.labels', by.y = flev, sort = FALSE)

return(labels.df)
}

создать ggplot

 p_base <- ggplot(d, aes(x=lev, y=y)) + geom_boxplot() +
  geom_text(data = generate_label_df(tHSD, 'lev'), aes(x = plot.labels, y = V1, label = labels))

Boxplot with automatic Tukey HSD group label placement

11