Использование Cython Для Связи Python С Общей Библиотекой

Я пытаюсь интегрировать стороннюю библиотеку, написанную в C мой python применение с помощью Cython. У меня есть весь код python, написанный для теста. У меня возникли проблемы с поиском пример настройки.

у меня есть pyd/pyx файл, который я создал вручную. Третья сторона дала мне header file (*.h) и shared library (*.so). Насколько я могу судить, других зависимостей нет. Может ли кто-нибудь привести пример того, как настроить это с помощью Cython и disutils?

спасибо

33
c cython distutils linker python

1 ответов

точно !

(в следующем, Я предполагаю, что вы уже знаете, как бороться с cimport и взаимодействий между .pxd и .pyx. Если это не совсем так, просто спросите, и я разработаю эту часть)

образец (взятый из моего проекта C++, но проект C будет работать почти так же):

1. Файл установки Distutils:

предполагая, что расширение будет создано будет называться myext и сторонняя общая библиотека libexternlib.so (обратите внимание на lib* префикс, здесь)...

# setup.py file
import sys
import os
import shutil

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext

# clean previous build
for root, dirs, files in os.walk(".", topdown=False):
    for name in files:
        if (name.startswith("myext") and not(name.endswith(".pyx") or name.endswith(".pxd"))):
            os.remove(os.path.join(root, name))
    for name in dirs:
        if (name == "build"):
            shutil.rmtree(name)

# build "myext.so" python extension to be added to "PYTHONPATH" afterwards...
setup(
    cmdclass = {'build_ext': build_ext},
    ext_modules = [
        Extension("myext", 
                  sources=["myext.pyx",
                           "SomeAdditionalCppClass1.cpp",
                           "SomeAdditionalCppClass2.cpp"
                       ],
                  libraries=["externlib"],          # refers to "libexternlib.so"
                  language="c++",                   # remove this if C and not C++
                  extra_compile_args=["-fopenmp", "-O3"],
                  extra_link_args=["-DSOME_DEFINE_OPT", 
                                   "-L./some/extra/dependency/dir/"]
             )
        ]
)

Примечание : внешний .so файл связан через :

libraries=["externlib"]   # Without the 'lib' prefix and the '.so' extension...

Примечание:sources опция может использоваться, чтобы получить некоторые дополнительные исходные файлы скомпилированы.

важно : myext.pxd (не путайте с .pyd - Windows stuff) и myext.pyx должен быть в тот же каталог. Во время компиляции файл определения, если он существует, обрабатывается первым (больше).

2. Запустите его следующим образом :

после изменения каталога на тот, который содержит ваш myext.pxd ваш myext.pyx, а также выше setup.py сценарий :

# setup.sh
# Make the "myext" Python Module ("myext.so")
CC="gcc"   \
CXX="g++"   \
CFLAGS="-I./some/path/to/includes/ -I../../../DEPENDENCIES/python2.7/inc -I../../../DEPENDENCIES/gsl-1.15"   \
LDFLAGS="-L./some/path/to/externlib/"   \
    python setup.py build_ext --inplace

где :

  • libexternlib.so предполагается, что находится по адресу ./some/path/to/externlib/
  • yourheader.h предполагается, что находится по адресу ./some/path/to/includes/

Примечание : CFLAGS также можно было настроить с помощью :

extra_compile_args=["-I./some/path/to/includes/", "-fopenmp", "-O3"]

Примечание : LDFLAGS также можно было настроить с помощью :

extra_link_args=["-L./some/path/to/externlib/", "-DSOME_DEFINE_OPT", "-L./some/extra/dependency/dir/"]

как только distutils будет сделано со сборкой, вы получите несколько новых файлов, особенно myext.cpp, myext.h и самое главное myext.so.

3. После этого ты можешь идти. :

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:./some/path/to/externlib/
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:./some/path/to/myext/

# Run some script requiring "myext.so"
python somescript.py

где ваше недавно созданное расширение Python может быть импортировано по его имени:

# somescript.py
import myext
from myext import PySomeFeature
...

Примечание об оптимизации : по умолчанию -O2 используется для компиляции расширения, но это может быть перегружено (см. выше настройка, где -O3 указан).

Примечание о путях Cython: если Cython был установлен в пользовательском каталоге, вы можете добавить его в свою среду, прежде чем все :

PYTHONPATH=$PYTHONPATH:../../../DEPENDENCIES/Cython-0.18 export PYTHONPATH;
PATH=$PATH:../../../DEPENDENCIES/Cython-0.18/bin; export PATH;

ну, надеюсь, я осветил основные моменты...

51