Как читать общий формат данных (CDF) в Python

на ответ by @miraculixx правильно, но предполагается, что вы уже установили библиотека CDF c.

вот простое руководство, если вы даже не знали, какой формат файла CDF был до того, как вы нашли этот вопрос на SO.

1. Скачать последнюю версию библиотеки CDF C:

вы можете найти последнюю стабильную версию по этой ссылке. Захватить исходный код используя wget, и извлечь его. Примечание: следующее создаст каталог в текущей папке ./ если вы хотите загрузить код по другому пути, убедитесь, что вы изменили код ниже.

wget -r -l1 -np -nd -nc http://cdaweb.gsfc.nasa.gov/pub/software/cdf/dist/latest-release/linux/ -A cdf*-dist-all.tar.gz
tar xf cdf*-dist-all.tar.gz -C ./
cd cdf*dist

2. Установите все зависимости:

SpacePy и библиотека CDF имеют несколько зависимостей (как указал @Michal Dyzma). Вы можете установить их с помощью стадион conda или Пип и apt.

pip install numpy scipy h5py matplotlib networkx
apt install build-essential gfortran libncurses5-dev

3. Скомпилируйте библиотеку C:

вы должны были загружены в README.install файл, который содержит гораздо больше деталей на этом шаге, чем я предоставлю. Два цента - это то, что вы хотите проверить, какие переменные компиляции необходимы/необязательны для вашей системы и потребностей.

make all.help

я буду создавать дистрибутив для Linux с помощью компилятора GNU C. Меня не интересует Интерфейс FORTRAN и моя операционная система поддерживают общие библиотеки. Я хочу установить программы инструментария на основе проклятий, которые позволяют использовать интерактивные инструменты CDF на основе командной строки (Вот почему мы установили libncurses5-dev зависимость на Шаге 2). В результате это последняя команда make:

make OS=linux ENV=gnu CURSES=yes FORTRAN=no UCOPTIONS=-O2 SHARED=yes -j4 all
make install #no sudo

установка должна выполняться плавно и добавлять все файлы в ./bin, ./include и ./lib суб-каталоги.

4. Настройка среды переменные:

должен быть файл в ./bin под названием definitions.B что делает это автоматически для вас, сделайте его исполняемым с chmod+x и добавьте следующую строку в свой ~/.bashrc (Примечание: 1) я предполагаю, что вы установили библиотеку по пути $HOME/Libraries/; 2) после .):

. $HOME/Libraries/cdf/cdf36_3-dist/bin/definitions.B

ВАЖНОЕ ПРИМЕЧАНИЕ: Файл выше имеет ошибку в линия 68, вместо добавления к окружающей среде переменная LD_LIBRARY_PATH он перезаписывает его. Исправить это легко, заменить линия 68 следующим образом:

export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/Libraries/cdf/cdf36_3-dist/lib:$LD_LIBRARY_PATH

если по какой-то причине definitions.B нет, просто добавьте следующую строку:

export CDF_BASE=$HOME/Libraries/cdf/cdf36_3-dist
export CDF_INC=$CDF_BASE/include
export CDF_LIB=$CDF_BASE/lib
export CDF_BIN=$CDF_BASE/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$CDF_BASE/lib:$LD_LIBRARY_PATH

5. Вы все готовы, идите и делайте добро:

предполагая, что вы установили spacepy С pip следующее должно работать:

from spacepy import pycdf
cdf = pycdf.CDF('/path/to/file.cdf')
print(cdf)