Как подключить R с MySQL или как установить пакет RMySQL?

теперь вы можете пропустить все сложные шаги и просто сделать install.packages("RMySQL")

я столкнулся с этим в выходные на хакатоне на Mac OSX-мне потребовалось 4 часа, чтобы собрать все вместе, несмотря на наличие нескольких справочных материалов (упомянутых в конце). Я не нашел легкий проход, поэтому я решил опубликовать его, пока он свеж в моем уме.

Я не уверен в совместимости с Windows, но надеюсь, что эти инструкции облегчат вам тоже.

Я пытался получить R и MySQL для связи в локальной среде (для серверной среды могут потребоваться изменения). Я использую XAMPP (хотя я не использовал RMySQL для соединения), но в конце концов я смог использовать страницу PHP для записи файла R, выполнения этого файла и записи R в таблицу MySQL. Насколько мне известно, это работает только для MacOSX...

все используемое программное обеспечение было в форме dmg, поэтому двоичные установки не требуются.

1. Скачать R и выполните некоторые основные команды, чтобы убедиться, что у вас есть это работает.

2. в R вам нужно установить RODBC (если у вас его еще нет). Введите это в консоли Р.

install.packages("RODBC")

это устанавливает RODBC, но так как OS Mavericks, некоторые файлы больше не включены, поэтому вы получаете сообщение об ошибке

заголовки ODBC sql.h и sqlext.ч не нашел

и вам нужно получить sql.h и sqlext.H-файлы в нужное место.

для этого простой способ, убедитесь, что у вас есть доморощенного установлен (простые инструкции). Тогда используйте это код в терминале, чтобы сделать установку.

Как только это будет сделано, вы входите в консоль R еще раз

install.packages("RODBC")

1. Поиск MySQL для соответствующей установки ODBC. Я запускаю Mac OSX 10.6, поэтому я загрузил dmg и установил его. Это само о себе позаботилось.

2. теперь начинается самое сложное. По-видимому, Mac OX вывел администратора ODBC после недавнего выпуска ОС, поэтому вам нужно загрузить ODBC Manager (http://www.odbcmanager.net/). Это тоже dmg-файл, поэтому просто перетащите его в папку utilities.

у меня были трудности с установкой 5.3.6 dmg (продолжался сбой), поэтому я установил 5.2.7 вместо этого.

1. открыть Диспетчер ODBC. Вам нужно настроить DSN, поэтому перейдите на вкладку " системный DSN" и нажмите кнопку "Добавить".

2. вы получите всплывающее окно с просьбой выбрать драйвер. У меня был "драйвер MySQL ODBC 5.2" на основе моей установки MySQL ODBC. нажимать OK." Если вы не видите драйвер, то вам нужно подтвердить, что установлен MySQL ODBC.

3. в следующем всплывающем окне сделайте имя источника данных (DSN), что вы хотите - но помните, что это имя, которое вам нужно использовать для вызова из R. в области ключевых слов ниже (ключевые слова будут в кавычки и значение будут в круглых скобках), добавить

   "база данных" (со значением вашего имени базы данных)

   "server" (для локальной среды не используйте localhost - вместо этого используйте локальный IP-адрес 127.0.0.1. *** Это был ключевой кусок для меня)

   " uid "(ID пользователя базы данных)

   " pwd " (пароль базы данных)

   "сокет" (не уверен, что это было необходимо, но после нескольких учебных пособий он остался в моей конфигурации, и все работает, поэтому, возможно тебе это нужно. Вы можете найти свое местоположение гнезда в моей.cnf-сделайте поиск в центре внимания. Расположение файла сокета находится под CLIENT)

   вот как выглядела моя конфигурация:

   DSN ("тест" - это было вверху)

Я также потратил несколько часов, пытаясь сделать эту работу в Windows 10, получая ошибки. Исправления, которые я нашел для RMySQL, были грязными и сложными, но RODBC более безболезненно и элегантно привел к решению. У меня был R, RStudio, MySQL Server, MySQL Workbench, и для его работы требовались следующие дополнительные шаги:

1. установите пакет в RStudio install.packages(RODBC)
2. Загрузите и установите MySQL ODBC connector здесь
3. настроить соединитель ODBC MySQL. здесь некоторые инструкции. Просто выполните поиск на начальном экране Windows 10 для "ODBC", и появится это окно. Получите правильные параметры соединения и используйте кнопку test, чтобы убедиться, что он работает. Он показывает список ваших баз данных в раскрывающемся меню после подключения. В "имени источника данных" дайте ему имя, которое войдет в скрипт R, скажем 'mysql_odbc'

теперь вы можете подключиться, выполнить запрос и отключить:

library(RODBC)
cursor <- odbcConnect("mysql_odbc", uid="root", pwd="HaysPuffyWalton5")
out <- sqlQuery(cursor, "SELECT * FROM emp WHERE deptno = 10");
close(cursor);

это сработало для меня: использование Windows XP SP3 32bit OS, R Studio, Rv2.15.3

следуйте инструкциям из:http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/RMySQL

однако, если вы загрузили MySQL edition 5.6, вам придется скопировать libmysql.lib присутствует, например, в этом пути:D:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\lib и создайте новую папку, как в: D:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\lib\opt и вставить выше libmysql.lib на . Тогда Renviron.site файл будет иметь следующее:MYSQL_HOME=D:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6. Обратите внимание на косая черта.

наконец следуйте инструкциям по установке.линия пакетов, как указано в ссылке выше. Мне пришлось пройти несколько испытаний, чтобы все исправить.

следуйте инструкциям здесь:

http://www.ahschulz.de/2013/07/23/installing-rmysql-under-windows/

Я последовал за ним, и он работал как шарм. :)

ЕСЛИ ЭТА ОШИБКА В R

library(RMySQL)
#-----------
Loading required package: DBI

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'RMySQL', details

  call: i$Location

  error: $ operator is invalid for atomic vectors

Error: package or namespace load failed for 'RMySQL'

ТОГДА ИЗВНЕ R

set MYSQL_HOME=F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6

И:

library(RMySQL)

#Loading required package: DBI
#MYSQL_HOME defined as F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6

ИЛИ ПРОСТО ИЗНУТРИ R

Sys.setenv(MYSQL_HOME = "F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6")
library(RMySQL)

#Loading required package: DBI
#MYSQL_HOME defined as F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6