Как создать pdf-файл из двоичного файла?

двоичные данные просто файл, или, скорее, важное содержимое этого файла, только без имени файла.

$base64 = /* some base64 encoded data fetched from somewhere */;
$binary = base64_decode($base64);

и там у вас есть файл данных/содержимое файла на $binary переменной. Отсюда все зависит от того, что вы хотите сделать. Вы можете записать данные в файл, и вы получите "реальный" PDF-файл:

file_put_contents('my.pdf', $binary);

вы можете выплюнуть данные в браузер с соответствующим заголовком, и пользователь получит что-то, что выглядит как PDF-файл для него:

header('Content-type: application/pdf');
header('Content-Disposition: attachment; filename="my.pdf"');
echo $binary;