Я также использую 64-битный Ubuntu (12.04 сейчас, 11.10 до этого) и Eclipse. У меня были похожие проблемы, как то, что вы описываете, пока я не понял, что метод ввода клавиатуры/настройки макета на самом деле имеют значение в Ubuntu (в то время как это не в Mac OS или Windows) при использовании копирования/вставки. Если вы используете две раскладки клавиатуры (например, я использую английский и болгарский), Ctrl -C / Ctrl -V не будет работать с английской раскладкой. Если он не работает, дважды проверьте текущую раскладку клавиатуры. Мне потребовалось некоторое время, чтобы понять это - надеюсь, это поможет и вам.