Можно ли получить иерархические графики из networkx с python 3?

Я немного изменил, чтобы он не был бесконечно рекурсивным.

import networkx as nx

def hierarchy_pos(G, root, width=1., vert_gap = 0.2, vert_loc = 0, xcenter = 0.5 ):
    '''If there is a cycle that is reachable from root, then result will not be a hierarchy.

       G: the graph
       root: the root node of current branch
       width: horizontal space allocated for this branch - avoids overlap with other branches
       vert_gap: gap between levels of hierarchy
       vert_loc: vertical location of root
       xcenter: horizontal location of root
    '''

    def h_recur(G, root, width=1., vert_gap = 0.2, vert_loc = 0, xcenter = 0.5, 
                  pos = None, parent = None, parsed = [] ):
        if(root not in parsed):
            parsed.append(root)
            if pos == None:
                pos = {root:(xcenter,vert_loc)}
            else:
                pos[root] = (xcenter, vert_loc)
            neighbors = G.neighbors(root)
            if parent != None:
                neighbors.remove(parent)
            if len(neighbors)!=0:
                dx = width/len(neighbors) 
                nextx = xcenter - width/2 - dx/2
                for neighbor in neighbors:
                    nextx += dx
                    pos = h_recur(G,neighbor, width = dx, vert_gap = vert_gap, 
                                        vert_loc = vert_loc-vert_gap, xcenter=nextx, pos=pos, 
                                        parent = root, parsed = parsed)
        return pos

    return h_recur(G, root, width=1., vert_gap = 0.2, vert_loc = 0, xcenter = 0.5)

самый простой способ получить красивое дерево отображение графика в Python 2 или 3 Без PyGraphviz является использование PyDot (https://pypi.python.org/pypi/pydot). А PyGraphviz предоставляет интерфейс для все программ, PyDot только предоставляет интерфейс для точки инструментов программ, который единственный, что вам нужно, если то, что вы после это иерархический граф / дерево. Если вы хотите создать свой график в NetworkX, а не PyDot, вы можете использовать NetworkX для экспорта графика PyDot, как в следующем:

import networkx as nx

g=nx.DiGraph()
g.add_edges_from([(1,2), (1,3), (1,4), (2,5), (2,6), (2,7), (3,8), (3,9),
                  (4,10), (5,11), (5,12), (6,13)])
p=nx.drawing.nx_pydot.to_pydot(g)
p.write_png('example.png')

обратите внимание, что Graphviz и PyDot должны быть установлены для правильной работы.

предупреждение: у меня возникли проблемы при использовании PyDot для рисования графиков со словарями атрибутов узлов, экспортированными из NetworkX-иногда словари, похоже, экспортируются с кавычками, отсутствующими в строках, что вызывает write способ к краху. Этого можно избежать, оставив словари.

вот решение для больших деревьев. Это модификация рекурсивного подхода Джоэла, который равномерно распределяет узлы на каждом уровне.

def hierarchy_pos(G, root, levels=None, width=1., height=1.):
    '''If there is a cycle that is reachable from root, then this will see infinite recursion.
       G: the graph
       root: the root node
       levels: a dictionary
               key: level number (starting from 0)
               value: number of nodes in this level
       width: horizontal space allocated for drawing
       height: vertical space allocated for drawing'''
    TOTAL = "total"
    CURRENT = "current"
    def make_levels(levels, node=root, currentLevel=0, parent=None):
        """Compute the number of nodes for each level
        """
        if not currentLevel in levels:
            levels[currentLevel] = {TOTAL : 0, CURRENT : 0}
        levels[currentLevel][TOTAL] += 1
        neighbors = G.neighbors(node)
        if parent is not None:
            neighbors.remove(parent)
        for neighbor in neighbors:
            levels =  make_levels(levels, neighbor, currentLevel + 1, node)
        return levels

    def make_pos(pos, node=root, currentLevel=0, parent=None, vert_loc=0):
        dx = 1/levels[currentLevel][TOTAL]
        left = dx/2
        pos[node] = ((left + dx*levels[currentLevel][CURRENT])*width, vert_loc)
        levels[currentLevel][CURRENT] += 1
        neighbors = G.neighbors(node)
        if parent is not None:
            neighbors.remove(parent)
        for neighbor in neighbors:
            pos = make_pos(pos, neighbor, currentLevel + 1, node, vert_loc-vert_gap)
        return pos
    if levels is None:
        levels = make_levels({})
    else:
        levels = {l:{TOTAL: levels[l], CURRENT:0} for l in levels}
    vert_gap = height / (max([l for l in levels])+1)
    return make_pos({})

пример Джоэла будет выглядеть так:

и это более сложный граф (визуализированный с использованием plotly):

для направленного графика, так как соседи(x) включают только сукцесоры (x), поэтому вам нужно удалить строки:

if parent != None:
        neighbors.remove(parent)

кроме того, лучшим вариантом будет этот:

pos=nx.graphviz_layout(G,prog='dot')