ошибки g++ при попытке компиляции c++11 с помощью Rcpp

СПЕЦИФИКАЦИЯ СИСТЕМЫ:

  • OS - Mac OS X 10.6.8 (Снежный Барс)
  • g++ - Macports gcc 4.8.1_2 + универсальный
  • R - 2.15.3
  • Rcpp - 0.10.3

Я продолжаю получать ошибку, когда я пытаюсь скомпилировать функции, которые используют C++11 в R (через Rcpp) - по какой-то причине g++ не распознает -std=c++11 выбор.

этот пример взят из файлов справки Rcpp (он не содержит ничего конкретного для C++11, но может показать, в чем моя проблема). Если я попробую запустить:

require( Rcpp )
Sys.setenv( "PKG_CXXFLAGS"="-std=c++11" )
cppFunction(plugins=c("cpp11"), '
int useCpp11() {
    int x = 10;
    return x;
}')

Я:

cc1plus: error: unrecognized command line option "-std=c++11"
make: *** [file61239328ae6.o] Error 1
g++ -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/x86_64 -DNDEBUG  -I/usr/local/include  -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include"   -std=c++11  -fPIC  -g -O2  -c file61239328ae6.cpp -o file61239328ae6.o 
Error in sourceCpp(code = code, env = env, rebuild = rebuild, showOutput = showOutput,  : 
  Error 1 occurred building shared library.

в то же время я могу скомпилировать эту функцию непосредственно из bash - если этот код находится в useCpp11.cpp файл, то это работает без каких-либо жалоб:

g++ useCpp11.cpp -std=c++11
10
c++ c++11 gcc r rcpp

3 ответов

Кевин ушли абсолютно прав - самый простой способ убедиться, что используется правильный компилятор-через . В моем случае я добавил:--3--> 

CXX = g++-4.8.1
PKG_CXXFLAGS = -std=c++11

это то, чего мне не хватало - и все это сработало впоследствии. Это работает, если вы компилируете свой пакет.

11

вопросы:

  • вы за on Rcpp, который находится в выпущенной версии 0.10.4

  • версия, которую вы используете (0.10.3) есть плагин для C++11

  • здесь Целая статья в галерее Rcpp какие подробности этого.

так позвольте мне процитировать из этого C++11 часть на Rcpp Галерея:

R> library(Rcpp)
R> sourceCpp("/tmp/cpp11.cpp")
R> useAuto()
[1] 42
R>

где код /tmp/cpp11.cpp следующим образом:

#include <Rcpp.h>

// Enable C++11 via this plugin (Rcpp 0.10.3 or later)
// [[Rcpp::plugins("cpp11")]]

// [[Rcpp::export]]
int useAuto() {
    auto val = 42;      // val will be of type int
    return val;
}

если это не работает для вас, то ваша система не настроена правильно. Другими словами, это не вопрос для Rcpp tag -- но скорее для "как настроить мой путь для вызова версии g++, я думаю, что я должен вызывать".

7

если вы не хотите исправлять свой путь, вы можете установить PKG_CXXFLAGS переменная среды непосредственно перед компиляцией.

     export PKG_CXXFLAGS='`Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()"` -std=c++11'

например:

на R

#generate the bare Rcpp package as usual
library(Rcpp)
Rcpp.package.skeleton("Foo",
                      example_code=FALSE,
                      attributes=TRUE,
                      cpp_files=c("./Foo_R_wrapper.cpp", "./Foo.h", "/Foo.cpp")
                     )

и Баш

#tell the compiler to use C++11
export PKG_CXXFLAGS='`Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()"` -std=c++11'

#compile as usual
cd ./Foo/;
R -e 'Rcpp::compileAttributes(".",verbose=TRUE)';
cd ..;

R CMD build Foo;
#ensure that there are no bugs
R CMD check Foo;

здесь Foo_R_wrapper.cpp обертывает функцию C++ FooBar, определенную и реализованную в Фу.h и Фу.cpp соответственно.

Foo_R_wrapper.cpp может содержать следующие элементы:

#include <Rcpp.h>                                   

#include "Foo.h"                                    

// [[Rcpp::export]]                                 
SEXP FooBar(SEXP baa)
{                                                   
    Rcpp::NumericVector baa_vec(baa)
    //Do something from Foo.h (to baa_vec?)
    ...
    //etc
    return baa_vec;
}
1