пакетный файл для запуска jar-файл с параметрами

Я просто попытался с небольшой программой java, которая только сбрасывает аргументы на экран:

public static void main(String[] args)
{
    for(String s : args)
    {
        System.out.println(s);
    }
}   

и следующий пакетный файл :

java -jar test.jar %1 %2 %3 %4

и я закончил со следующим результатом

-file
C:\trace_small.log
-str
Storing

для той же командной строки, что и вы... знак равенства '=' desapeared. Теперь, если вы trun пакетный файл к этому:

java -jar test.jar %*

вы получите еще один результат (который может быть то, что вы ожидали - не понятно)

-file=C:\trace_small.log
-str=Storing

в преимущество этого синтаксиса %* в том, что он более расширяем, принимая любое количество аргументов.

надеюсь, это поможет, но я рекомендую вам взглянуть на свой код и добавить некоторые инструкции отладки, чтобы понять, где вы "теряете" некоторую часть ввода.