Почему этот пакет R не устанавливается и как его исправить?
Я хотел бы включить подпрограмму Fortran в пакет R. Я всегда создавал пакеты только с использованием devtools и roxygen (поэтому мои знания могут быть довольно ограниченными). Я получаю ошибку, которая мешает мне установить пакет после того, как он был построен о том, что он не является приложением Win32...
Я использую Rtools 3.3. Информация о сеансе:
> sessionInfo()
R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252 LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_United States.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] roxygen2_5.0.1 devtools_1.9.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] magrittr_1.5 tools_3.2.2 Rcpp_0.12.1 memoise_0.2.1 stringi_1.0-1 stringr_1.0.0 digest_0.6.8
чтобы изначально создать пакет, я запускаю следующее:
library(devtools)
library(roxygen2)
setwd("C:/panterasBox")
create("myPack")
setwd("C:/panterasBox/myPack")
dir.create("C:/panterasBox/myPack/src")
это Фортран код, сохраненный как myFunc.Ф в :
subroutine myFunc(x)
implicit none
real(8) x
x = x + 2
return
end
обертка R, которую я использую для ее вызова (сохранена в ):
#' @title A test
#' @description a test function.
#' @param x this is a number
#' @useDynLib myPack
#' @export
myFunc <- function(x){
if (!is.loaded('myFunc')) {
dyn.load("/src/myPack.dll")
}
myCall <- NULL
myCall <- .Fortran("myFunc", x=as.double(x), PACKAGE="myPack")
return(myCall$x)
}
теперь, чтобы создать документацию и установить пакет, я запускаю это:
> document()
Updating myPack documentation
Loading myPack
Re-compiling myPack
"C:/Users/pantera/DOCUME~1/R/R-32~1.2/bin/x64/R" --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore CMD INSTALL
"C:panterasBoxmyPack" --library="C:UserspanteraAppDataLocalTempRtmpQdJJkodevtools_install_1df837dd6c29" --no-R
--no-data --no-help --no-demo --no-inst --no-docs --no-exec --no-multiarch --no-test-load
* installing *source* package 'myPack' ...
** libs
gfortran -m64 -O2 -mtune=core2 -c myFunc.f -o myFunc.o
gcc -m64 -shared -s -static-libgcc -o myPack.dll tmp.def myFunc.o -Ld:/RCompile/r-compiling/local/local320/lib/x64 -Ld:/RCompile/r-compiling/local/local320/lib -lgfortran -LC:/Users/pantera/DOCUME~1/R/R-32~1.2/bin/x64 -lR
installing to C:/Users/pantera/AppData/Local/Temp/RtmpQdJJko/devtools_install_1df837dd6c29/myPack/libs/x64
* DONE (myPack)
First time using roxygen2. Upgrading automatically...
Updating roxygen version in C:panterasBoxmyPack/DESCRIPTION
Writing NAMESPACE
Writing myFunc.Rd
> install("myPack")
Installing myPack
"C:/Users/pantera/DOCUME~1/R/R-32~1.2/bin/x64/R" --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore CMD INSTALL
"C:/panterasBox/myPack" --library="C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library" --install-tests
* installing *source* package 'myPack' ...
** libs
*** arch - i386
make: Nothing to be done for `all'.
installing to C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library/myPack/libs/i386
*** arch - x64
make: Nothing to be done for `all'.
installing to C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library/myPack/libs/x64
** R
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
*** arch - i386
Error in inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...) :
unable to load shared object 'C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library/myPack/libs/i386/mypack.dll':
LoadLibrary failure: %1 is not a valid Win32 application.
Error: loading failed
Execution halted
*** arch - x64
ERROR: loading failed for 'i386'
* removing 'C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library/myPack'
Error: Command failed (1)
Я также попытался создать и проверить пакет через командную строку с помощью R CMD build myPack
а то R CMD check myPack_*tar.gz
. Единственная ошибка, которую я получаю, это что-то о моем пакете LaTeX.
Спасибо, что прочитали это, и я ценю любую предложенную помощь.
отказ от ответственности: я задал этот вопрос ранее, но я хотел спросить еще раз "минимальным способом".
2 ответов
ясно, что это проблема архитектуры. Похоже, x64 версия вашего пакета (что, вероятно, вам нужно) была построена успешно, но x86 build и, таким образом, общая задача не удалась. Попробуйте следующее:
- добавить до
install
звонок. Это скажетRCmd
не строить для x86, потому что ваша основная арка x64. - (наверное, необязательно, но просто для удобства.) Add до
install
звонок. Это скажетRCmd
не судить об успехе задачи сборки по успешности загрузки пакета. - загрузите пакет вручную с помощью
library('myPack')
и посмотреть, если это работает.
подводя итог, заменить install
звонок с:
install('myPack', args=c('--no-multiarch','--no-test-load'))
library('myPack')
похоже, что вы загружаете dyn.load("/src/myPack.dll")
но во время установки он ищет:
'C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library/myPack/libs/i386/mypack.dll'
(т. е. без капитала P)
* Извините, у меня недостаточно репутации, чтобы поставить это в качестве комментария.