Полупрозрачность в RStudio

Я пытаюсь создать график с полупрозрачной доверительной областью вокруг линии регрессии:

library(car)
library(ggplot2)
library(effects)

mod <- lm(salary~yrs.service+sex, data=Salaries)

yrseff <- as.data.frame(allEffects(mod)[[1]])

ggplot(yrseff, aes(x=yrs.service, y=fit))+
geom_ribbon(aes(ymin=lower, ymax=upper), alpha=.2)+
geom_line(colour="darkgreen", size=2)

Я получаю это сообщение об ошибке:

предупреждение : в Grid.Вызов.графика (L_polygon, x$x, x$y, индекс) : полупрозрачность не поддерживается на этом устройстве: сообщается только один раз на странице

однако, если я сначала открою pdf-устройство (как в коде ниже), он создаст pdf-файл с полупрозрачной лентой.

pdf()
ggplot(yrseff, aes(x=yrs.service, y=fit))+
geom_ribbon(aes(ymin=lower, ymax=upper), alpha=.2)+
geom_line(colour="darkgreen", size=2)
dev.off()

в чем может быть проблема? Есть ли способ получить полупрозрачность без необходимости сохранения в формате pdf?

Я использую RStudio на Ubuntu 12.04, и вот моя информация о сеансе.

> sessionInfo()
R version 3.0.3 (2014-03-06)
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)

locale:
[1] LC_CTYPE=en_CA.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_CA.UTF-8       
[4] LC_COLLATE=en_CA.UTF-8     LC_MONETARY=en_CA.UTF-8    LC_MESSAGES=en_CA.UTF-8   
[7] LC_PAPER=en_CA.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_CA.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.3.1  car_2.0-19       effects_3.0-0    colorspace_1.2-4
[5] lattice_0.20-27 

loaded via a namespace (and not attached):
[1] dichromat_2.0-0    digest_0.6.4       gtable_0.1.2       labeling_0.2      
[5] MASS_7.3-29        munsell_0.4.2      nnet_7.3-7         plyr_1.8.1        
[9] proto_0.3-10       RColorBrewer_1.0-5 Rcpp_0.11.1        reshape2_1.2.2    
[13] scales_0.2.3       stringr_0.6.2      tools_3.0.3 

и, в случае, если это полезная информация:

getOption("device")
[1] "RStudioGD"

3 ответов


по запросу OP:

можете ли вы вставить вывод getOption("bitmapType") в свой конфиг? Если нет..."--1-->" попробуйте установить его через options(bitmapType="cairo") и посмотреть, если вы получите ту же ошибку.


у меня была точно такая же проблема, как и у OP, но в моем случае настройка options(bitmapType="cairo") не решил проблему.

в моем случае проблема была вызвана тем, что я составил R вручную из исходников без --with-cairo настройка опции (или, скорее: моей системе не хватало необходимого пакета libcairo2-dev,--with-cairo не имеет никакого эффекта). Перекомпиляция R с надлежащей поддержкой cairo исправила проблему. Теперь он даже работает, хотя getOption("bitmapType") по-прежнему имеет значение `"Xlib".


Я столкнулся с аналогичными проблемами при запуске пакетов "dismo" и "ggplot2" в RStudio. Поскольку эта проблема началась после установки "Ghostscript" в Window_64, я удалил все эти папки с моего компьютера, чтобы проверить, работает ли он нормально. RStudio работал нормально без каких-либо ошибок после удаления "Ghostscript". Однако, используя опции (bitmapType= "cairo"), как указано выше, я мог бы устранить ошибку, но мне приходилось перезапускать каждый раз для нормального функционирования RStudio.