R: "ошибка унарного оператора" из многострочной команды ggplot2

Я использую ggplot2 для сравнения boxplot двух разных видов, как указано в третьем столбце, показанном ниже:

> library(reshape2)
> library(ggplot2)
> melt.data = melt(actb.raw.data)

> head(actb.raw.data)
  region  expression species
1     CG -0.17686667   human
2     CG -0.06506667   human
3     DG  1.04590000   human
4    CA1  1.94093333   human
5    CA2  1.55023333   human
6    CA3  1.75800000   human

> head(melt.data)
  region species   variable       value
1     CG   human expression -0.17686667
2     CG   human expression -0.06506667
3     DG   human expression  1.04590000
4    CA1   human expression  1.94093333
5    CA2   human expression  1.55023333
6    CA3   human expression  1.75800000

однако, когда я запускаю следующий код:

ggplot(combined.data, aes(x = region, y = expression, fill = species)) +
+     geom_boxplot() +
+     scale_fill_manual(values = c("yellow", "orange"))
+     ggtitle("Expression comparisons for ACTB")
+     theme(axis.text.x = element_text(angle=90, face="bold", colour="black"))

Я получаю эту ошибку: 

> ggplot(actb.raw.data, aes(x = region, y = expression, fill = species)) +
+     + geom_boxplot() +
+     + scale_fill_manual(values = c("yellow", "orange"))
Error in +geom_boxplot() : invalid argument to unary operator
> + ggtitle("ACTB expression in human vs. macaque")
Error in +ggtitle("ACTB expression in human vs. macaque") : 
 invalid argument to unary operator
> + theme(axis.text.x = element_text(angle=90, face="bold", colour="black"))
Error in inherits(x, "theme") : argument "e2" is missing, with no default

Это также происходит, когда я запускаю с помощью переменной расплава.Дейта, чего бы это ни стоило. Кто-нибудь может помочь мне это исправить? Я успешно запускал этот код раньше с другим набором данных, который был отформатирован одинаково, и я не могу выясни, что здесь не так.

33
ggplot2 multiline r reshape2

3 ответов

похоже, вы могли бы вставить дополнительный + в начале каждой строки, которую R интерпретирует как унарный оператор (например,- интерпретируется как отрицание, а не вычитания). Я думаю, что будет работать

ggplot(combined.data, aes(x = region, y = expression, fill = species)) +
    geom_boxplot() +
    scale_fill_manual(values = c("yellow", "orange")) + 
    ggtitle("Expression comparisons for ACTB") + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle=90, face="bold", colour="black"))

возможно, вы копируете и вставляете с выхода консоли R? Консоль использует + в начале строки, когда входные данные неполные.

67

Это хорошо известная неприятность, когда публикации многострочных команд в R. (Вы можете получить другое поведение, когда вы source() скрипт для копирования и вставки строк, как с многострочными, так и с комментариями)

правила: всегда ставьте болтающиеся " + " на конец строки, чтобы R знал, что команда не завершена:

ggplot(...) + geom_whatever1(...) +
  geom_whatever2(...) +
  stat_whatever3(...) +
  geom_title(...) + scale_y_log10(...)

не ставьте болтающийся "+" в начале строки, так как это щекочет это Error in "+ geom_whatever2(...) invalid argument to unary operator"

и, очевидно, не ставьте висячие " + " в конце и начале, так как это синтаксическая ошибка. Итак, изучите привычку быть последовательным: всегда ставьте " + " в конце строки.

cf. ответ на "разделить код на несколько строк в сценарии R"

20

это оператор " + "в начале строки, который отключает вещи (не только то, что вы используете два оператора" + " последовательно). Оператор " + " может использоваться в конце строк, но не в начале.

это работает:

ggplot(combined.data, aes(x = region, y = expression, fill = species)) +
geom_boxplot()

не:

ggplot(combined.data, aes(x = region, y = expression, fill = species))
+ geom_boxplot() 

*Error in + geom_boxplot():
invalid argument to unary operator*

вы также не можете использовать два оператора'+', что в данном случае вы сделали. Но чтобы исправить это, вам придется выборочно удалить их в начале строк.

3