Решения системы дифференциальных уравнений в R
у меня есть простая модель потока в R. она сводится к двум дифференциальным уравнениям, которые моделируют две переменные состояния в модели, мы назовем их A
и B
. Они вычисляются как простые разностные уравнения четырехкомпонентных потоков flux1-flux4
, 5 параметров p1-p5
, и 6-й параметр, of_interest
, который может принимать значения от 0-1.
parameters<- c(p1=0.028, p2=0.3, p3=0.5, p4=0.0002, p5=0.001, of_interest=0.1)
state <- c(A=28, B=1.4)
model<-function(t,state,parameters){
with(as.list(c(state,parameters)),{
#fluxes
flux1 = (1-of_interest) * p1*(B / (p2 + B))*p3
flux2 = p4* A #microbial death
flux3 = of_interest * p1*(B / (p2 + B))*p3
flux4 = p5* B
#differential equations of component fluxes
dAdt<- flux1 - flux2
dBdt<- flux3 - flux4
list(c(dAdt,dBdt))
})
я хотел бы написать функцию, чтобы взять производную dAdt
С уважением of_interest
задайте производные уравнение до 0, затем переставить и решить для значения of_interest
. Это будет значение параметра of_interest
это максимизирует функцию dAdt
.
до сих пор я был в состоянии решить модель в устойчивом состоянии, через возможные значения of_interest
для демонстрации должен быть максимум.
require(rootSolve)
range<- seq(0,1,by=0.01)
for(i in range){
of_interest=i
parameters<- c(p1=0.028, p2=0.3, p3=0.5, p4=0.0002, p5=0.001, of_interest=of_interest)
state <- c(A=28, B=1.4)
ST<- stode(y=y,func=model,parms=parameters,pos=T)
out<- c(out,ST$y[1])
затем заговор:
plot(out~range, pch=16,col='purple')
lines(smooth.spline(out~range,spar=0.35), lwd=3,lty=1)
как я могу аналитически решить для значения of_interest
что максимизирует dAdt
в R? Если аналитическое решение невозможно, как я могу знать, и как я могу решить это численно?
Update: я думаю, что эта проблема может быть решена с помощью пакета deSolve в R, linked здесь, однако у меня возникли проблемы реализации на конкретном примере.
1 ответов
ваше уравнение в B(t)
как раз-о разделяемом, так как вы можете разделить B(t)
, из которого вы можете получить это
B(t) = C * exp{-p5 * t} * (p2 + B(t)) ^ {of_interest * p1 * p3}
это неявное решение для B(t)
который мы решим точечно.
вы можете решить для C
учитывая ваше начальное значение B
. Я полагаю t = 0
изначально? В таком случае
C = B_0 / (p2 + B_0) ^ {of_interest * p1 * p3}
это также дает несколько более приятное выражение для A(t)
:
dA(t) / dt = B_0 / (p2 + B_0) * p1 * p3 * (1 - of_interest) *
exp{-p5 * t} * ((p2 + B(t) / (p2 + B_0)) ^
{of_interest * p1 * p3 - 1} - p4 * A(t)
это можно решить интегрирующим фактором (= exp{p4 * t}
), через численное интегрирование термина, включающего B(t)
. Мы определяем нижний предел интеграла как 0, чтобы нам никогда не приходилось оценивать B вне диапазона [0, t]
, что означает, что интегрирующая константа просто A_0
и так:
A(t) = (A_0 + integral_0^t { f(tau; parameters) d tau}) * exp{-p4 * t}
основная суть B(t)
управляет всем в этой системе -- подход будет: решите для поведения B(t)
, затем используйте это, чтобы выяснить, что происходит с A(t)
, тогда максимизировать.
во-первых, "внешние" параметры, мы также нужны nleqslv
и B
:
library(nleqslv)
t_min <- 0
t_max <- 10000
t_N <- 10
#we'll only solve the behavior of A & B over t_rng
t_rng <- seq(t_min, t_max, length.out = t_N)
#I'm calling of_interest ttheta
ttheta_min <- 0
ttheta_max <- 1
ttheta_N <- 5
tthetas <- seq(ttheta_min, ttheta_max, length.out = ttheta_N)
B_0 <- 1.4
A_0 <- 28
#No sense storing this as a vector when we'll only ever use it as a list
parameters <- list(p1 = 0.028, p2 = 0.3, p3 = 0.5,
p4 = 0.0002, p5 = 0.001)
отсюда основной план:
- учитывая значения параметров (в частности
ttheta
), решения дляBB
надt_rng
С помощью решения нелинейных уравнений - дано
BB
и значения параметров, решить дляAA
надt_rng
путем численного интегрирования - дано
AA
и ваше выражение для dAdt, plug & максимизировать.
derivs
#declare a function we'll use to solve for B (see above)
b_slv <- function(b, t)
with(params, b - B_0 * ((p2 + b)/(p2 + B_0)) ^
(ttheta * p1 * p3) * exp(-p5 * t))
#solving point-wise (this is pretty fast)
# **See below for a note**
BB <- sapply(t_rng, function(t) nleqslv(B_0, function(b) b_slv(b, t))$x)
#this is f(tau; params) that I mentioned above;
# we have to do linear interpolation since the
# numerical integrator isn't constrained to the grid.
# **See below for note**
a_int <- function(t){
#approximate t to the grid (t_rng)
# (assumes B is monotonic, which seems to be true)
# (also, if t ends up negative, just assign t_rng[1])
t_n <- max(1L, which.max(t_rng - t >= 0) - 1L)
idx <- t_n:(t_n+1)
ts <- t_rng[idx]
#distance-weighted average of the local B values
B_app <- sum((-1) ^ (0:1) * (t - ts) / diff(ts) * BB[idx])
#finally, f(tau; params)
with(params, (1 - ttheta) * p1 * p3 * B_0 / (p2 + B_0) *
((p2 + B_app)/(p2 + B_0)) ^ (ttheta * p1 * p3 - 1) *
exp((p4 - p5) * t))
}
#a_int only works on scalars; the numeric integrator
# requires a version that works on vectors
a_int_v <- function(t) sapply(t, a_int)
AA <- exp(-params$p4 * t_rng) *
sapply(t_rng, function(tt)
#I found the subdivisions constraint binding in some cases
# at the default value; no trouble at 1000.
A_0 + integrate(a_int_v, 0, tt, subdivisions = 1000L)$value)
#using the explicit version of dAdt given as flux1 - flux2
max(with(params, (1 - ttheta) * p1 * p3 * BB / (p2 + BB) - p4 * AA))})
Finally, simply run `tthetas[which.max(derivs)]` to get the maximizer.
Примечание:
этот код не оптимизирован для повышения эффективности. Есть несколько мест, где есть некоторые потенциальные ускорение:
- вероятно, быстрее запустить решатель уравнений рекурсивно, так как он будет сходиться быстрее с лучшими начальными догадками - используя Предыдущее значение вместо начальное значение, безусловно, лучше
- будет быстрее просто использовать суммы Римана для интеграции; компромисс в точности, но должен быть в порядке, если у вас достаточно плотная сетка. Одна из прелестей Римана заключается в том, что вам не придется интерполировать вообще, а численно это простая линейная алгебра. Я запустил это с
- вероятно, можно векторизовать
a_int
напрямую, а не простоsapply
Инг на ем, которое сопутствующее ускорение-вверх Больше прямое обращение к Бласу. - множество других мелких вещей. Pre-compute
ttheta * p1 * p3
так как он повторно использован так много и т. д.
я не стал включать ничего из этого, хотя, потому что вам, честно говоря, лучше перенести это на более быстрый язык - Джулия - мой любимый питомец, но, конечно, R хорошо говорит С C++, C, Fortran и т. д.