всплывающее окно Touch ID появляется только при вызове SecItemCopyMatching() в фоновой очереди. Это указано на странице 118 презентации PDF брелок и аутентификация с Touch ID:

читать секрет
...

dispatch_async(dispatch_get_global_queue(...), ^(void){
    CFTypeRef dataTypeRef = NULL;
    OSStatus status = SecItemCopyMatching((CFDictionaryRef)query,
                                     &dataTypeRef);
});

в противном случае вы блокируете основной поток, и всплывающее окно не появиться. SecItemCopyMatching() затем происходит сбой (после тайм-аута) с код ошибки -25293 = errSecAuthFailed.

провал не сразу видно в вашем образце проекта, потому что он печатает неправильную переменную в случае ошибки, например

if(status != noErr)
{
    print("SELECT Error: \(resultCode)."); // <-- Should be `status`
}

и аналогично для обновления и удаления.

вот включенная версия вашего образца кода с необходимым отправка в фоновую очередь для получения элемента связки ключей. (Конечно же обновления пользовательского интерфейса должны быть отправлены обратно в основную очередь.)

он работал как ожидалось в моем тесте на iPhone с Touch ID: Всплывающее окно Touch ID появляется, и элемент keychain извлекается только после успешная аутентификация.

Touch ID аутентификации делает не работа на симуляторе iOS.

override func viewDidAppear(_ animated: Bool) {
    super.viewDidAppear(animated)

    //  This two values identify the entry, together they become the
    //  primary key in the database
    let myAttrService = "app_name"
    let myAttrAccount = "first_name"

    // DELETE keychain item (if present from previous run)

    let delete_query: NSDictionary = [
        kSecClass: kSecClassGenericPassword,
        kSecAttrService: myAttrService,
        kSecAttrAccount: myAttrAccount,
        kSecReturnData: false
    ]
    let delete_status = SecItemDelete(delete_query)
    if delete_status == errSecSuccess {
        print("Deleted successfully.")
    } else if delete_status == errSecItemNotFound {
        print("Nothing to delete.")
    } else {
        print("DELETE Error: \(delete_status).")
    }

    // INSERT keychain item

    let valueData = "The Top Secret Message V1".data(using: .utf8)!
    let sacObject =
        SecAccessControlCreateWithFlags(kCFAllocatorDefault,
                                        kSecAttrAccessibleWhenUnlockedThisDeviceOnly,
                                        .userPresence,
                                        nil)!

    let insert_query: NSDictionary = [
        kSecClass: kSecClassGenericPassword,
        kSecAttrAccessControl: sacObject,
        kSecValueData: valueData,
        kSecUseAuthenticationUI: kSecUseAuthenticationUIAllow,
        kSecAttrService: myAttrService,
        kSecAttrAccount: myAttrAccount
    ]
    let insert_status = SecItemAdd(insert_query as CFDictionary, nil)
    if insert_status == errSecSuccess {
        print("Inserted successfully.")
    } else {
        print("INSERT Error: \(insert_status).")
    }

    DispatchQueue.global().async {
        // RETRIEVE keychain item

        let select_query: NSDictionary = [
            kSecClass: kSecClassGenericPassword,
            kSecAttrService: myAttrService,
            kSecAttrAccount: myAttrAccount,
            kSecReturnData: true,
            kSecUseOperationPrompt: "Authenticate to access secret message"
        ]
        var extractedData: CFTypeRef?
        let select_status = SecItemCopyMatching(select_query, &extractedData)
        if select_status == errSecSuccess {
            if let retrievedData = extractedData as? Data,
                let secretMessage = String(data: retrievedData, encoding: .utf8) {

                print("Secret message: \(secretMessage)")

                // UI updates must be dispatched back to the main thread.

                DispatchQueue.main.async {
                    self.messageLabel.text = secretMessage
                }

            } else {
                print("Invalid data")
            }
        } else if select_status == errSecUserCanceled {
            print("User canceled the operation.")
        } else {
            print("SELECT Error: \(select_status).")
        }
    }
}