Создание PNG с matplotlib, когда отображение не определено
Я пытаюсь использовать networkx в Python. Когда я запускаю эту программу, она получает эту ошибку. Что-нибудь пропало?
#!/usr/bin/env python
import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt
G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")
Traceback (most recent call last):
File "graph.py", line 13, in <module>
nx.draw(G)
File "/usr/lib/pymodules/python2.5/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
cf=pylab.gcf()
File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
return figure()
File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
**kwargs)
File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
window = Tk.Tk()
File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable
теперь я получаю другую ошибку:
#!/usr/bin/env python
import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt
matplotlib.use('Agg')
G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")
/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning: This call to matplotlib.use() has no effect
because the the backend has already been chosen;
matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,
or matplotlib.backends is imported for the first time.
if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
File "graph.py", line 15, in <module>
nx.draw(G)
File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
cf=pylab.gcf()
File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
return figure()
File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
**kwargs)
File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
window = Tk.Tk()
File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable
теперь я получаю другую ошибку:
#!/usr/bin/env python
import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt
matplotlib.use('Agg')
G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")
/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning: This call to matplotlib.use() has no effect
because the the backend has already been chosen;
matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,
or matplotlib.backends is imported for the first time.
if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
File "graph.py", line 15, in <module>
nx.draw(G)
File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
cf=pylab.gcf()
File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
return figure()
File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
**kwargs)
File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
window = Tk.Tk()
File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable
11 ответов
основная проблема заключается в том, что (в вашей системе) matplotlib по умолчанию выбирает X-using backend. У меня была такая же проблема на одном из моих серверов. Решением для меня было добавить следующий код в место, которое читается до любой другой pylab / matplotlib/pyplot импорт:
import matplotlib
# Force matplotlib to not use any Xwindows backend.
matplotlib.use('Agg')
альтернативой является установка его в вашем .matplotlibrc
просто как дополнение ответа Reinout по.
постоянный способ решить эту проблему-редактировать .файл matplotlibrc. Найти его через
>>> import matplotlib
>>> matplotlib.matplotlib_fname()
# This is the file location in Ubuntu
'/etc/matplotlibrc'
изменить бэкэнда в файл backend : Agg
. Вот и все.
чистый ответ должен занять немного времени, чтобы правильно подготовить среду выполнения.
первый метод, который вы должны подготовить среду выполнения, - это использовать , как мудро рекомендовал Крис В. установка
backend : Agg
в этом файле. Вы даже можете контролировать-без изменений кода -как и где matplotlib ищет и находит .
вторая техника, которую вы должны подготовьте среду выполнения, чтобы использовать MPLBACKEND
переменные среды (и сообщите своим пользователям, чтобы использовать его):
export MPLBACKEND="agg"
python <program_using_matplotlib.py>
это удобно, потому что вам даже не нужно предоставлять другой файл на диске, чтобы сделать эту работу. Я использовал этот подход, например, при тестировании в непрерывной интеграции и работе на удаленных машинах, у которых нет дисплеев.
жесткое кодирование вашего бэкэнда matplotlib в "Agg" в вашем коде Python похоже на bashing квадратный колышек в круглое отверстие с большим молотком, когда вместо этого вы могли бы просто сказать matplotlib, что это должно быть квадратное отверстие.
Я просто повторю то, что сказал @Ivo Bosticky, что можно пропустить. Поместите эти строки в очень начало файла py.
import matplotlib
matplotlib.use('Agg')
или один получит ошибку
*/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/__init__.py:923: UserWarning: This call to matplotlib.use() has no effect because the the backend has already been chosen; matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,*
это решит все проблемы с отображением
Я получил ошибку при использовании matplotlib через Spark. matplotlib.use('Agg')
не работает для меня. В конце концов, следующий код работает для меня. Больше здесь
import matplotlib.pyplot as plt.
plt.switch_backend('agg')
при входе на сервер для выполнения кода используйте этот код:
ssh -X username@servername
на -X
избавится от отображаемого имени и переменной среды $DISPLAY
ошибка
:)
Я обнаружил, что этот фрагмент хорошо работает при переключении между средами X и no-X.
import os
import matplotlib as mpl
if os.environ.get('DISPLAY','') == '':
print('no display found. Using non-interactive Agg backend')
mpl.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt
в какой системе вы находитесь? Похоже, у вас есть система с X11, но переменная среды отображения не была правильно установлена. Попробуйте выполнить следующую команду, а затем повторно запустите программу:
export DISPLAY=localhost:0
еще одна вещь, чтобы проверить, является ли ваш текущий пользователь авторизован для подключения к дисплею X. В моем случае root не разрешалось этого делать, и matplotlib жаловался с той же ошибкой.
user@debian:~$ xauth list
debian/unix:10 MIT-MAGIC-COOKIE-1 ae921efd0026c6fc9d62a8963acdcca0
root@debian:~# xauth add debian/unix:10 MIT-MAGIC-COOKIE-1 ae921efd0026c6fc9d62a8963acdcca0
root@debian:~# xterm
источник: http://www.debian-administration.org/articles/494 https://debian-administration.org/article/494/Getting_X11_forwarding_through_ssh_working_after_running_su
Для Google Cloud Machine Learning Engine:
import matplotlib as mpl
mpl.use('Agg')
from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages
а затем распечатать в файл:
#PDF build and save
def multi_page(filename, figs=None, dpi=200):
pp = PdfPages(filename)
if figs is None:
figs = [mpl.pyplot.figure(n) for n in mpl.pyplot.get_fignums()]
for fig in figs:
fig.savefig(pp, format='pdf', bbox_inches='tight', fig_size=(10, 8))
pp.close()
и создать PDF:
multi_page(report_name)