Вход CSS с шириной: 100% выходит за пределы родительской границы

используйте определение CSS box-sizing:border-box предотвратить прокладку от влияния ширины или высоты элемента. См. документацию для box-sizing. Вы также можете проверить совместимость браузера box-sizing (IE8+).

граница-box: свойства width и height включают заполнение и границу, но не поля... Обратите внимание, что обивка и граница будут внутри коробки.

input[type=text],
input[type=password] {
    box-sizing : border-box;
}

изменить: Во время этого редактирования префиксы не нужны для box-sizing. См.shouldiprefix.com.

#mainContainer {
  line-height: 20px;
  font-family: "Helvetica Neue", Helvetica, Arial, sans-serif;
  background-color: rgba(0, 50, 94, 0.2);
  margin: 20px auto;
  display: table;
  -moz-border-radius: 15px;
  border-style: solid;
  border-color: rgb(40, 40, 40);
  border-radius: 2px 5px 2px 5px / 5px 2px 5px 2px;
  border-radius: 2px;
  border-radius: 2px 5px / 5px;
  box-shadow: 0 5px 10px 5px rgba(0, 0, 0, 0.2);
}
.loginForm {
  width: 320px;
  height: 250px;
  padding: 10px 15px 25px 15px;
  overflow: hidden;
}
.login-fields > .login-bottom input#login-button_normal {
  float: right;
  padding: 2px 25px;
  cursor: pointer;
  margin-left: 10px;
}
.login-fields > .login-bottom input#login-remember {
  float: left;
  margin-right: 3px;
}
.spacer {
  padding-bottom: 10px;
}
input[type=text],
input[type=password] {
  width: 100%;
  height: 30px;
  padding: 5px 10px;
  background-color: rgb(215, 215, 215);
  line-height: 20px;
  font-size: 12px;
  color: rgb(136, 136, 136);
  border-radius: 2px 2px 2px 2px;
  border: 1px solid rgb(114, 114, 114);
  box-shadow: 0 1px 0 rgba(24, 24, 24, 0.1);
  box-sizing: border-box;
}
input[type=text]:hover,
input[type=password]:hover,
label:hover ~ input[type=text],
label:hover ~ input[type=password] {
  background: rgb(242, 242, 242);
  !important;
}
input[type=submit]:hover {
  box-shadow: inset 0 1px 0 rgba(255, 255, 255, 0.3), inset 0 -10px 10px rgba(255, 255, 255, 0.1);
}
.login-top {
  height: auto;/*85px;*/
}
.login-bottom {
  padding: 35px 15px 0 0;
}

<div id="mainContainer">
  <div id="login" class="loginForm">
    <div class="login-top">
    </div>
    <form class="login-fields" onsubmit="alert('test'); return false;">
      <div id="login-email" class="login-field">
        <label for="email" style="-moz-user-select: none;-webkit-user-select: none;" onselectstart="return false;">E-mail address</label>
        <span><input name="email" id="email" type="text" /></span>
      </div>
      <div class="spacer"></div>
      <div id="login-password" class="login-field">
        <label for="password" style="-moz-user-select: none;-webkit-user-select: none;" onselectstart="return false;">Password</label>
        <span><input name="password" id="password" type="password" /></span>
      </div>
      <div class="login-bottom">
        <input type="checkbox" name="remember" id="login-remember" />
        <label for="login-remember" style="-moz-user-select: none;-webkit-user-select: none;" onselectstart="return false;">Remember my email</label>
        <input type="submit" name="login-button" id="login-button_normal" style="cursor: pointer" value="Log in" />
      </div>
    </form>
  </div>
</div>

#login-form {
  font-family: "Helvetica Neue", Helvetica, Arial, sans-serif;
  background-color: rgba(0, 50, 94, 0.2);
  margin: 20px auto;
  padding: 10px 15px 25px 15px;
  border: 4px solid rgb(40, 40, 40);
  box-shadow: 0 5px 10px 5px rgba(0, 0, 0, 0.2);
  border-radius: 2px;
  width: 320px;
}
label span {
  display: block;
  padding: .3em 1em;
  background-color: rgb(215, 215, 215);
  border-radius: .25em;
  border: 1px solid rgb(114, 114, 114);
  box-shadow: 0 1px 0 rgba(24, 24, 24, 0.1);
  margin: 0 0 1em;
}
label span:hover {
  background: rgb(242, 242, 242);
  box-shadow: inset 0 1px 0 rgba(255, 255, 255, 0.3), inset 0 -10px 10px rgba(255, 255, 255, 0.1);
}
input[type=text],
input[type=password] {
  background: none;
  border: none;
  width: 100%;
  height: 2em;
  line-height: 2em;
  font-size: 12px;
  color: rgb(136, 136, 136);
  outline: none;
}
.login-bottom {
  margin: 2em 1em 0 0;
}
input#login-button {
  float: right;
  padding: 2px 25px;
}
input#login-remember {
  float: left;
  margin-right: 3px;
}

<form id="login-form">
  <label>E-mail address
    <span><input name="email" type="text" /></span>
  </label>
  <label>Password
    <span><input name="password" type="password" /></span>
  </label>
  <div class="login-bottom">
    <label>
      <input type="checkbox" name="remember" id="login-remember" />Remember my email
    </label>
    <input type="submit" name="login-button" id="login-button" value="Log in" />
  </div>
</form>