короткий ответ:

определить переменную окружения:

CYGWIN=winsymlinks:nativestrict

как указал mwm возможно, вам придется работать Баш от имени администратора.

ответ

символические ссылки Cygwin по умолчанию - это обычные файлы

по умолчанию Cygwin создает текстовые файлы в качестве обходного пути для ошибки символической ссылки Windows. Эти файлы на самом деле не ссылки. Почти все Программы Windows не рассматривают эти файлы как символические ссылки.

собственные символические ссылки доступны в последних версиях Windows

последние NTFS и Windows реализуют символические ссылки:

• точка соединения NTFS можно использовать как симлинк каталога начиная с NTFS 3.0 (Windows 2000) с помощью linkd или junction инструменты.
• символическая ссылка NTFS также может использоваться в качестве символической ссылки (как для файла, так и для каталога) с Windows Vista используя .

Cygwin может создавать собственные NTFS символические ссылки

упрощенный экстракт документация Cygwin:

символические ссылки

[...]

Cygwin создает символические ссылки потенциально несколькими различными способами:

• символические ссылки по умолчанию-это простые файлы, содержащие волшебный cookie затем путь к которой точки связи. [...]

• символические ссылки стиля ярлыка-Windows .lnk [...] создан если переменная среды CYGWIN [...] может содержать строка winsymlinks или winsymlinks:lnk. [...]

• собственные символические ссылки Windows создаются только в Windows Vista / 2008 и более поздних версиях, и только на файловых системах, поддерживающих точки повторного разбора. Из-за их странных ограничений и поведения они только создаются если пользователь явно запросы на их создание. Это делается путем установки переменной среды CYGWIN чтобы содержать строку winsymlinks:native или winsymlinks:nativestrict. [...]

• в файловой системе NFS Cygwin всегда создает реальные символические ссылки NFS.

Настройка Cygwin

Cygwin руководство пользователя представлена переменной CYGWIN и вариант winsymlinks:

на CYGWIN переменная окружения используется для настройка многих глобальных параметров [...]. Он содержит перечисленные ниже параметры, разделенные пустыми символами. [...]

• [...]
• [...]
• [...]
• [...]

• winsymlinks:{lnk,native,nativestrict} - если указано только winsymlinks или winsymlinks:lnk, Cygwin создает символические ссылки как сочетания клавиш Windows с помощью специального headerand Р/О набор атрибутов.

  , если значение winsymlinks:native или winsymlinks:nativestrict, Cygwin создает символические ссылки как родной Windows ссылки на файловые системы и версии ОС, поддерживающие их. Если ОС не поддерживает собственные символические ссылки (Windows XP, Windows Server 2003), предупреждающее сообщение производится один раз за сеанс.

  разницу между winsymlinks:native и winsymlinks:nativestrict это: если файловая система поддерживает native симлинки и Cygwin не удается создать собственное ссылку почему-то, он вернется на создание под Cygwin симлинки по умолчанию winsymlinks:native, а с winsymlinks:nativestrict этот symlink(2) системный вызов будет немедленно выполнена.

CYGWIN=winsymlinks:native
всегда создает ссылку, но использует запасной вариант Cygwin, когда target не существует

на Cygwin:

$ export CYGWIN="winsymlinks:native"
$ ln -s -v target mylink
`mylink' -> `target'
$ echo content > target

на MinGW:

$ cat mylink
content

люди, использующие программы Windows и Cygwin, могут иметь проблемы, когда символическая ссылка создается как фиктивный файл (Cygwin fallback, когда цель отсутствует)...

CYGWIN=winsymlinks:nativestrict
всегда использует native-Windows symlink, но терпит неудачу, когда target не существует

на Cygwin:

$ export CYGWIN="winsymlinks:nativestrict"
$ rm -f  a b
$ ln -sv a b
ln: failed to create symbolic link `b': No such file or directory
$ touch    b
$ ln -sv a b
ln: failed to create symbolic link `b': File exists
$ rm b
$ touch a
$ ln -sv a b
`b' -> `a'

, потому что nativestrict требует, чтобы цель существовала до создания символической ссылки, некоторые команды / скрипты могут завершиться неудачей при создании ссылки.

Примечание: только администраторы имеют возможность создавать собственные символические ссылки NT поэтому под Windows UAC эмулятор терминала Cygwin (mintty) должен выполняться с повышенными привилегиями (щелкните правой кнопкой мыши ярлык и выберите Запуск от имени администратора или установите свойство mintty shortcut,дополнительно → Запуск от имени администратора).

_{отдельное спасибо Гурии и жуткий за их вклад.}