Более эффективный рабочий поток R / Sweave / TeXShop?

Я использую Makefile следующей формы для Моих документов Sweave:

pdf: myfile.tex
    R CMD texi2pdf myfile.tex

myfile.tex: myfile.Rnw
    R CMD Sweave myfile.Rnw

затем я могу создать документ за один шаг в терминале Mac OS, выполнив команду make pdf

Я уверен, что есть способ приблизить это к вашей цели в один клик в Mac OS X, но это работает достаточно хорошо для меня.

в командной строке оболочки bash:

R CMD Sweave foo.Rnw && pdflatex foo.tex

запускает Sweave, и если это удастся, он переходит к pdflatex. Появляется pdf. Если у вас есть это в терминале bash, просто нажмите стрелку вверх, чтобы вернуть его и сделать это снова. И еще. И Еще.

Makefile решение также хорошо.

RStudio имеет кнопку, которая делает это за один раз. Одно предостережение заключается в том, что он работает в своем собственном сеансе, поэтому любые переменные рабочей области, которые вы, возможно, установили, игнорируются.

просто Примечание: Вы можете называть такие вещи, как pdflatex и т. д. непосредственно из R с помощью texi2dvi (в упаковке инструмента). Например:

Sweave(file="/Users/mymachine/Documents/Assign4.Rnw")

texi2pdf("Assign4.tex")

скомпилирует ваш файл Rnw в pdf. Таким образом, нет необходимости оставлять R для обработки шага tex->pdf.

Я использую их (сохранено как sweave.двигатель и sweavebibtex.engine) для пользовательских двигателей в texshop. Обычно я создаю фрагмент кода в R, а затем копирую блок в файл rnw, открытый в texshop. Мне бы понравилось решение, которое позволяет мне делать подсветку синтаксиса и коррекцию орфографии R и tex в одном документе (это не emacs).

#!/bin/bash
echo 'SWEAVE | PDFLATEX. Custom engine--Akasurak-16Nov2009'
export PATH=$PATH:/usr/texbin:/usr/local/bin
R CMD Sweave ""
pdflatex "${1%.*}"

и второй, для выполнения bibtex:

#!/bin/bash
date
before="$(date +%s)"
echo 'SWEAVE | PDFLATEX | BIBTEX | PDFLATEX | PDFLATEX. Custom engine--Akasurak-16Nov2009'
#Updated 20Jul2010 for auto including Sweave.sty


export PATH=$PATH:/usr/texbin:/usr/local/bin

R CMD Sweave ""
R CMD pdflatex "${1%.*}"
bibtex  "${1%.*}.aux"
R CMD pdflatex "${1%.*}"
R CMD pdflatex "${1%.*}"


after="$(date +%s)"
elapsed_seconds="$(expr $after - $before)"
date
echo Elapsed time '(m:s)': $(date -r $elapsed_seconds +%M:%S)

не могу сказать, что это лучший способ делать вещи, но они делают работа.

Я использую Aquamacs или Eclipse для редактирования .Rnw файл, Затем я использую следующую функцию оболочки для компиляции и просмотра:

sweaveCache () {
  Rscript -e "library(cacheSweave); setCacheDir(getwd()); 
    Sweave('.Rnw', driver = cacheSweaveDriver)" && 
  pdflatex --shell-escape .tex && 
  open .pdf
}

обратите внимание, что я использую cacheSweave драйвер, который помогает избежать постоянного повторного выполнения разделов кода, которые занимают много времени.

кстати, я также пытаюсь переключиться на Бабель вместо того, чтобы ругаться; не уверен, что я буду использовать чаще, но есть определенно аспекты Вавилона, которые я как.

лучшее решение здесь: вы создаете новый *.движок для TeXShop для использования, затем наберите с помощью ярлыка или кнопки 1.

http://cameron.bracken.bz/sweave-for-texshop

Кэмерон также очень отзывчив, поэтому я настоятельно рекомендую его решение.

Если вы открыты для перехода на (платное) решение,текст. сообщ имеет плагин Sweave, который берет вас .Rnw в PDF в один шаг:Sweave, набор и просмотр. В сочетании с обезжиренным, который может быть настроен для перезагрузки PDF-файлов, это делает настройку файлов довольно легко.

У меня была такая же проблема (я использую Mac OSX), и я решил загрузить Eclipse Classic 3.6.2. а затем установлен плагин StatET. Это немного волосато, чтобы настроить, но как только вы делаете эту среду приятно, потому что вы можете одним щелчком мыши скомпилировать свой .Rwn Sweave документ с помощью pdflatex и установить параметры для вашего любимого зрителя так .pdf автоматически всплывает при компиляции, как в TeXShop. Вы можете сделать это и в TeXShop, но TeXShop не подходит для отладки .Файлы Rnw и не выделите R-код в поле .Файл списка rwn. В Eclipse вы можете настроить подсветку синтаксиса (не самую большую из конца Texclipse, но ОК), чтобы вы могли легко различать свой код R и LaTeX. Вы также можете запустить консоль R из Eclipse, и она имеет графический браузер объектов. В любом случае, я могу продолжать. Если вам нужны подробности о том, как установить все это, сообщите мне.

думаю, я опоздал на вечеринку, но я собрал веб-страницу, которая документирует мой рабочий процесс Sweave на основе Eclipse (с одним касанием sweave):

http://www.stanford.edu/~messing/ComputationalSocialScienceWorkflow.html