Как объединить (объединить) фреймы данных (внутренний, внешний, левый, правый)?
учитывая два фрейма данных:
df1 = data.frame(CustomerId = c(1:6), Product = c(rep("Toaster", 3), rep("Radio", 3)))
df2 = data.frame(CustomerId = c(2, 4, 6), State = c(rep("Alabama", 2), rep("Ohio", 1)))
df1
# CustomerId Product
# 1 Toaster
# 2 Toaster
# 3 Toaster
# 4 Radio
# 5 Radio
# 6 Radio
df2
# CustomerId State
# 2 Alabama
# 4 Alabama
# 6 Ohio
как я могу сделать стиль базы данных, т. е. стиль sql, присоединяется? То есть, как мне получить:
- An внутреннее соединение of
df1
иdf2
:
Возвращает только строки, в которых левая таблица имеет соответствующие ключи в правой таблице. - An внешние соединения of
df1
иdf2
:
Возвращает все строки из обеих таблиц, присоединяет записи слева, которые имеют совпадающие ключи в правой таблице. - A левое внешнее соединение (или просто ушел) of
df1
иdf2
Возвращает все строки из левой таблицы и все строки с соответствующими ключами из правой таблицы. - A правое внешнее соединение of
df1
иdf2
Возвращает все строки из правой таблицы и все строки с соответствующими ключами из левой таблицы.
дополнительно:
как я могу сделать стиль SQL инструкция select?
13 ответов
С помощью merge
функция и ее Дополнительные параметры:
внутреннее соединение: merge(df1, df2)
будет работать для этих примеров, потому что R автоматически присоединяется к фреймам по общим именам переменных, но вы, скорее всего, захотите указать merge(df1, df2, by = "CustomerId")
чтобы убедиться, что вы соответствовали только полям, которые вы хотели. Вы также можете использовать by.x
и by.y
параметры, если соответствующие переменные имеют разные названия в разных данных кадры.
внешнее соединение: merge(x = df1, y = df2, by = "CustomerId", all = TRUE)
левое внешнее: merge(x = df1, y = df2, by = "CustomerId", all.x = TRUE)
правое внешнее: merge(x = df1, y = df2, by = "CustomerId", all.y = TRUE)
перекрестное соединение: merge(x = df1, y = df2, by = NULL)
как и во внутреннем соединении, вы, вероятно, захотите явно передать "CustomerId" в R как соответствующую переменную. я думаю, что это почти всегда лучше чтобы явно указать идентификаторы, по которым вы хотите объединить; безопаснее, если входные данные.кадры меняются неожиданно и легче читать позже.
вы можете объединить несколько столбцов, давая by
вектор, например, by = c("CustomerId", "OrderId")
.
если имена столбцов для объединения не совпадают, вы можете указать, например,by.x = "CustomerId_in_df1",
by.y = "CustomerId_in_df2"where
CustomerId_in_df1is the name of the column in the first data frame and
CustomerId_in_df2 ' - это имя столбца во втором фрейме данных. (Они также могут быть векторами, если вам нужно объединить несколько столбцов.)
Я бы рекомендовал проверить пакет sqldf Габора Гротендика, что позволяет выразить эти операции в SQL.
library(sqldf)
## inner join
df3 <- sqldf("SELECT CustomerId, Product, State
FROM df1
JOIN df2 USING(CustomerID)")
## left join (substitute 'right' for right join)
df4 <- sqldf("SELECT CustomerId, Product, State
FROM df1
LEFT JOIN df2 USING(CustomerID)")
Я нахожу синтаксис SQL более простым и естественным, чем его эквивалент R (но это может просто отражать мое смещение RDBMS).
посмотреть Габор sqldf GitHub для получения дополнительной информации о соединениях.
есть данные.таблица подход для внутреннего соединения, которое очень эффективно по времени и памяти (и необходимо для некоторых больших данных.frames):
library(data.table)
dt1 <- data.table(df1, key = "CustomerId")
dt2 <- data.table(df2, key = "CustomerId")
joined.dt1.dt.2 <- dt1[dt2]
merge
также работает с данными.таблицы (как это универсально и вызывает merge.data.table
)
merge(dt1, dt2)
данные.таблица, документированная в stackoverflow:
как сделать данные.операция слияния таблиц
Translating SQL присоединяется на внешних ключах к данным R.таблица синтаксис
эффективные альтернативы слиянию для больших данных.кадры R
как сделать базовое левое внешнее соединение с данными.таблица в R?
еще один вариант-это
вы можете сделать соединения, а также с помощью Hadley Wickham удивительным dplyr пакета.
library(dplyr)
#make sure that CustomerId cols are both type numeric
#they ARE not using the provided code in question and dplyr will complain
df1$CustomerId <- as.numeric(df1$CustomerId)
df2$CustomerId <- as.numeric(df2$CustomerId)
мутирующие соединения: добавление столбцов в df1 с помощью совпадений в df2
#inner
inner_join(df1, df2)
#left outer
left_join(df1, df2)
#right outer
right_join(df1, df2)
#alternate right outer
left_join(df2, df1)
#full join
full_join(df1, df2)
фильтрация соединений: отфильтровать строки в df1, не изменять столбцы
semi_join(df1, df2) #keep only observations in df1 that match in df2.
anti_join(df1, df2) #drops all observations in df1 that match in df2.
есть несколько хороших примеров того, как это делается в R Wiki. Я украду парочку здесь:
Merge Метод
поскольку ваши ключи называются одинаково, короткий способ сделать внутреннее соединение-merge ():
merge(df1,df2)
полное внутреннее соединение (все записи из обеих таблиц) может быть создано с помощью ключевого слова "all":
merge(df1,df2, all=TRUE)
левое внешнее соединение df1 и df2:
merge(df1,df2, all.x=TRUE)
правое наружное соединение df1 и df2:
merge(df1,df2, all.y=TRUE)
вы можете перевернуть их, шлепнуть их и потереть их, чтобы получить два других внешних соединения, о которых вы спрашивали:)
Подстрочный Метод
левое внешнее соединение с df1 слева с использованием метода индекса будет:
df1[,"State"]<-df2[df1[ ,"Product"], "State"]
другая комбинация внешних соединений может быть создана путем мунглинга левого внешнего примера индекса соединения. (да, я знаю, что это эквивалентно тому, чтобы сказать: "я оставлю это как упражнение для читатель...")
новое в 2014 году:
особенно, если вы также заинтересованы в манипуляции данными в целом (включая сортировку, фильтрацию, подстановку, суммирование и т. д.), вы должны обязательно взглянуть на dplyr
, который поставляется с различными функциями, предназначенными для облегчения вашей работы с фреймами данных и некоторыми другими типами баз данных. Он даже предлагает довольно сложный интерфейс SQL и даже функцию для преобразования (большинства) SQL-кода непосредственно в R.
четыре связанные с присоединением функции в пакете dplyr (цитата):
-
inner_join(x, y, by = NULL, copy = FALSE, ...)
: возврат всех строк из x, где есть совпадающие значения в y, и все столбцы из x и y -
left_join(x, y, by = NULL, copy = FALSE, ...)
: верните все строки из x и все столбцы из x и y -
semi_join(x, y, by = NULL, copy = FALSE, ...)
: возвращает все строки из x, где есть совпадающие значения в y, сохраняя только столбцы из x. -
anti_join(x, y, by = NULL, copy = FALSE, ...)
: возврат всех строк из x где нет совпадающих значений в y, сохраняя просто столбцы из x
это все здесь в деталях.
выбор столбцов можно сделать с помощью select(df,"column")
. Если этого недостаточно для SQL-ish, то есть sql()
функция, в которую вы можете ввести SQL-код как есть, и она будет выполнять указанную Вами операцию так же, как вы все время писали в R (для получения дополнительной информации обратитесь к dplyr / базы данных виньетка). Например, если применяется правильно,sql("SELECT * FROM hflights")
будет выберите все столбцы из таблицы dplyr "hflights"(a "tbl").
обновить данные.табличные методы объединения наборов данных. Ниже приведены примеры для каждого типа соединения. Существует два метода, один из [.data.table
при передаче вторых данных.таблица в качестве первого аргумента подмножества, другой способ-использовать merge
функция которая послала к быстрым данным.метод таблицы.
обновление 2016-04-01-и это не первоапрельская шутка!
В версии 1.9.7 данных.соединения таблицы теперь могут использовать существующий индекс, который значительно уменьшает время соединения. ниже кода и benchmark не использует данные.таблица показатели на. Если вы ищете near real-time join, вы должны использовать данные.табличные индексы.
df1 = data.frame(CustomerId = c(1:6), Product = c(rep("Toaster", 3), rep("Radio", 3)))
df2 = data.frame(CustomerId = c(2L, 4L, 7L), State = c(rep("Alabama", 2), rep("Ohio", 1))) # one value changed to show full outer join
library(data.table)
dt1 = as.data.table(df1)
dt2 = as.data.table(df2)
setkey(dt1, CustomerId)
setkey(dt2, CustomerId)
# right outer join keyed data.tables
dt1[dt2]
setkey(dt1, NULL)
setkey(dt2, NULL)
# right outer join unkeyed data.tables - use `on` argument
dt1[dt2, on = "CustomerId"]
# left outer join - swap dt1 with dt2
dt2[dt1, on = "CustomerId"]
# inner join - use `nomatch` argument
dt1[dt2, nomatch=0L, on = "CustomerId"]
# anti join - use `!` operator
dt1[!dt2, on = "CustomerId"]
# inner join
merge(dt1, dt2, by = "CustomerId")
# full outer join
merge(dt1, dt2, by = "CustomerId", all = TRUE)
# see ?merge.data.table arguments for other cases
ниже базовых тестов R, sqldf, dplyr и данных.таблица.
Тестовые тесты unkeyed / unindexed наборов данных. Вы можете получить еще лучшую производительность, если используете ключи для своих данных.таблицы или индексы с помощью sqldf. База R и dplyr не имеет индексов или ключей, поэтому я не включить этот сценарий в тест.
Бенчмарк выполняется на наборах данных строк 5M-1, в столбце join есть общие значения 5M-2, поэтому каждый сценарий (левый, правый, полный, внутренний) может быть протестирован, и join по-прежнему нетривиально выполнять.
library(microbenchmark)
library(sqldf)
library(dplyr)
library(data.table)
n = 5e6
set.seed(123)
df1 = data.frame(x=sample(n,n-1L), y1=rnorm(n-1L))
df2 = data.frame(x=sample(n,n-1L), y2=rnorm(n-1L))
dt1 = as.data.table(df1)
dt2 = as.data.table(df2)
# inner join
microbenchmark(times = 10L,
base = merge(df1, df2, by = "x"),
sqldf = sqldf("SELECT * FROM df1 INNER JOIN df2 ON df1.x = df2.x"),
dplyr = inner_join(df1, df2, by = "x"),
data.table = dt1[dt2, nomatch = 0L, on = "x"])
#Unit: milliseconds
# expr min lq mean median uq max neval
# base 15546.0097 16083.4915 16687.117 16539.0148 17388.290 18513.216 10
# sqldf 44392.6685 44709.7128 45096.401 45067.7461 45504.376 45563.472 10
# dplyr 4124.0068 4248.7758 4281.122 4272.3619 4342.829 4411.388 10
# data.table 937.2461 946.0227 1053.411 973.0805 1214.300 1281.958 10
# left outer join
microbenchmark(times = 10L,
base = merge(df1, df2, by = "x", all.x = TRUE),
sqldf = sqldf("SELECT * FROM df1 LEFT OUTER JOIN df2 ON df1.x = df2.x"),
dplyr = left_join(df1, df2, by = c("x"="x")),
data.table = dt2[dt1, on = "x"])
#Unit: milliseconds
# expr min lq mean median uq max neval
# base 16140.791 17107.7366 17441.9538 17414.6263 17821.9035 19453.034 10
# sqldf 43656.633 44141.9186 44777.1872 44498.7191 45288.7406 47108.900 10
# dplyr 4062.153 4352.8021 4780.3221 4409.1186 4450.9301 8385.050 10
# data.table 823.218 823.5557 901.0383 837.9206 883.3292 1277.239 10
# right outer join
microbenchmark(times = 10L,
base = merge(df1, df2, by = "x", all.y = TRUE),
sqldf = sqldf("SELECT * FROM df2 LEFT OUTER JOIN df1 ON df2.x = df1.x"),
dplyr = right_join(df1, df2, by = "x"),
data.table = dt1[dt2, on = "x"])
#Unit: milliseconds
# expr min lq mean median uq max neval
# base 15821.3351 15954.9927 16347.3093 16044.3500 16621.887 17604.794 10
# sqldf 43635.5308 43761.3532 43984.3682 43969.0081 44044.461 44499.891 10
# dplyr 3936.0329 4028.1239 4102.4167 4045.0854 4219.958 4307.350 10
# data.table 820.8535 835.9101 918.5243 887.0207 1005.721 1068.919 10
# full outer join
microbenchmark(times = 10L,
base = merge(df1, df2, by = "x", all = TRUE),
#sqldf = sqldf("SELECT * FROM df1 FULL OUTER JOIN df2 ON df1.x = df2.x"), # not supported
dplyr = full_join(df1, df2, by = "x"),
data.table = merge(dt1, dt2, by = "x", all = TRUE))
#Unit: seconds
# expr min lq mean median uq max neval
# base 16.176423 16.908908 17.485457 17.364857 18.271790 18.626762 10
# dplyr 7.610498 7.666426 7.745850 7.710638 7.832125 7.951426 10
# data.table 2.052590 2.130317 2.352626 2.208913 2.470721 2.951948 10
dplyr с 0.4 реализовал все эти соединения, включая outer_join, но стоит отметить, что для первых нескольких выпусков он не предлагал outer_join, и в результате было много действительно плохого хакерского обходного кода пользователя, плавающего вокруг довольно долго (вы все еще можете найти это в ответах SO и Kaggle с того периода).
Join-related версии:
- обработка для типа POSIXct, часовых поясов, дубликатов, различных уровней факторов. Лучше ошибки и предупреждения.
- новый аргумент суффикса для управления тем, какой суффикс дублирует имена переменных (#1296)
- реализовать правое соединение и внешнее соединение (#96)
- мутирует соединения, которые добавляют новые переменные для одной таблицы из совпадающих строк в другой. Объединения фильтрации, которые фильтруют наблюдения из одной таблицы на основе того, соответствуют ли они наблюдению в другой таблице.
- теперь может left_join по различным переменным в каждой таблице: df1 %>% left_join (df2, c ("var1" = "var2"))
- *_join () больше не записывает имена столбцов (#324)
версия v0.1.3 (4/2014)
- и inner_join, left_join, semi_join, anti_join
- outer_join еще не реализовано, резервный вариант-использовать base:: merge () (или plyr::join ())
- не выполнить right_join и outer_join
- Хэдли упомянул другие преимущества здесь
- одна незначительная функция слияния в настоящее время имеет, что dplyr не является возможность иметь отдельный счет.x, by.y столбцов как, например, панды Python.
обходные пути в комментариях Хэдли в этом вопросе:
- right_join(x, y) совпадает с left_join (y,x) с точки зрения строк, только столбцы будут другой порядок. Легко работал с select (new_column_order)
- outer_join в основном union(left_join(x, y), right_join (x, y)) - т. е. сохранить все строки в обоих кадрах данных.
при объединении двух фреймов данных с ~1 миллионом строк каждый, один с 2 столбцами, а другой с ~20, я на удивление нашел merge(..., all.x = TRUE, all.y = TRUE)
чтобы быть быстрее, чем dplyr::full_join()
. Это с dplyr v0.4
слияние занимает ~17 секунд, full_join занимает ~65 секунд.
Некоторая еда, хотя, поскольку я обычно по умолчанию использую dplyr для задач манипуляции.
для случая левого соединения с 0..*:0..1
мощность или правое соединение с 0..1:0..*
мощность можно назначить на месте односторонних столбцов от столяра (0..1
таблица) непосредственно на joinee (0..*
таблица), и тем самым избежать создания совершенно новой таблицы данных. Для этого необходимо сопоставить ключевые столбцы из joinee в joiner и индексировать+упорядочить строки столяра соответственно для назначения.
если ключ один столбец, затем мы можем использовать один вызов match()
чтобы сделать соответствие. Это тот случай, который я рассмотрю в этом ответе.
вот пример, основанный на OP, за исключением того, что я добавил дополнительную строку в df2
с идентификатором 7 для проверки случая несоответствующего ключа в столяре. Это эффективно df1
левое соединение df2
:
df1 <- data.frame(CustomerId=1:6,Product=c(rep('Toaster',3L),rep('Radio',3L)));
df2 <- data.frame(CustomerId=c(2L,4L,6L,7L),State=c(rep('Alabama',2L),'Ohio','Texas'));
df1[names(df2)[-1L]] <- df2[match(df1[,1L],df2[,1L]),-1L];
df1;
## CustomerId Product State
## 1 1 Toaster <NA>
## 2 2 Toaster Alabama
## 3 3 Toaster <NA>
## 4 4 Radio Alabama
## 5 5 Radio <NA>
## 6 6 Radio Ohio
в приведенном выше I жестко закодировано предположение, что ключевой столбец является первым столбцом обеих входных таблиц. Я бы утверждают, что, в общем-то, это не необоснованное предположение, так как, если у вас есть данные.кадр с ключевым столбцом, было бы странно, если бы он не был настроен как первый столбец данных.кадр с самого начала. И вы всегда можете изменить порядок столбцов, чтобы сделать его так. Выгодным следствием этого предположения является то, что имя ключевого столбца не обязательно должно быть жестко закодировано, хотя я полагаю, что это просто замена одного предположения другим. Concision-еще одно преимущество integer индексирование, а также скорость. В приведенных ниже тестах я изменю реализацию, чтобы использовать индексирование имен строк в соответствии с конкурирующими реализациями.
я думаю, что это очень подходящее решение, если у вас есть несколько таблиц, которые вы хотите уехал на один большой стол. Многократное восстановление всей таблицы для каждого слияния было бы ненужным и неэффективным.
С другой стороны, если вам нужно, чтобы joinee оставался неизменным через это операция по какой-либо причине, то это решение не может быть использовано, так как он изменяет joinee непосредственно. Хотя в этом случае вы можете просто сделать копию и выполнить назначение на месте на копии.
в качестве примечания я кратко рассмотрел возможные соответствующие решения для многоколоночных ключей. К сожалению, единственными подходящими решениями, которые я нашел, были:
- неэффективно конкатенации. например,
match(interaction(df1$a,df1$b),interaction(df2$a,df2$b))
, или та же идея сpaste()
. - неэффективные декартовые конъюнкции, например
outer(df1$a,df2$a,`==`) & outer(df1$b,df2$b,`==`)
. - база R
merge()
и эквивалентные функции слияния на основе пакетов, которые всегда выделяют новую таблицу для возврата объединенного результата и, следовательно, не подходят для решения на основе назначения на месте.
например, см. сопоставление нескольких столбцов на разных фреймах данных и получение другого столбца в результате, сопоставьте два столбца с двумя другими колонки, соответствие на нескольких столбцах, и дурак этого вопроса, где я первоначально придумал решение на месте,объединить два фрейма данных с различным количеством строк в R.
бенчмаркинг
я решил сделать мой собственный бенчмаркинг, чтобы увидеть, как в месте назначения по сравнению с другими решениями, которые были предложены в этом вопросе.
тестирование код:
library(microbenchmark);
library(data.table);
library(sqldf);
library(plyr);
library(dplyr);
solSpecs <- list(
merge=list(testFuncs=list(
inner=function(df1,df2,key) merge(df1,df2,key),
left =function(df1,df2,key) merge(df1,df2,key,all.x=T),
right=function(df1,df2,key) merge(df1,df2,key,all.y=T),
full =function(df1,df2,key) merge(df1,df2,key,all=T)
)),
data.table.unkeyed=list(argSpec='data.table.unkeyed',testFuncs=list(
inner=function(dt1,dt2,key) dt1[dt2,on=key,nomatch=0L,allow.cartesian=T],
left =function(dt1,dt2,key) dt2[dt1,on=key,allow.cartesian=T],
right=function(dt1,dt2,key) dt1[dt2,on=key,allow.cartesian=T],
full =function(dt1,dt2,key) merge(dt1,dt2,key,all=T,allow.cartesian=T) ## calls merge.data.table()
)),
data.table.keyed=list(argSpec='data.table.keyed',testFuncs=list(
inner=function(dt1,dt2) dt1[dt2,nomatch=0L,allow.cartesian=T],
left =function(dt1,dt2) dt2[dt1,allow.cartesian=T],
right=function(dt1,dt2) dt1[dt2,allow.cartesian=T],
full =function(dt1,dt2) merge(dt1,dt2,all=T,allow.cartesian=T) ## calls merge.data.table()
)),
sqldf.unindexed=list(testFuncs=list( ## note: must pass connection=NULL to avoid running against the live DB connection, which would result in collisions with the residual tables from the last query upload
inner=function(df1,df2,key) sqldf(paste0('select * from df1 inner join df2 using(',paste(collapse=',',key),')'),connection=NULL),
left =function(df1,df2,key) sqldf(paste0('select * from df1 left join df2 using(',paste(collapse=',',key),')'),connection=NULL),
right=function(df1,df2,key) sqldf(paste0('select * from df2 left join df1 using(',paste(collapse=',',key),')'),connection=NULL) ## can't do right join proper, not yet supported; inverted left join is equivalent
##full =function(df1,df2,key) sqldf(paste0('select * from df1 full join df2 using(',paste(collapse=',',key),')'),connection=NULL) ## can't do full join proper, not yet supported; possible to hack it with a union of left joins, but too unreasonable to include in testing
)),
sqldf.indexed=list(testFuncs=list( ## important: requires an active DB connection with preindexed main.df1 and main.df2 ready to go; arguments are actually ignored
inner=function(df1,df2,key) sqldf(paste0('select * from main.df1 inner join main.df2 using(',paste(collapse=',',key),')')),
left =function(df1,df2,key) sqldf(paste0('select * from main.df1 left join main.df2 using(',paste(collapse=',',key),')')),
right=function(df1,df2,key) sqldf(paste0('select * from main.df2 left join main.df1 using(',paste(collapse=',',key),')')) ## can't do right join proper, not yet supported; inverted left join is equivalent
##full =function(df1,df2,key) sqldf(paste0('select * from main.df1 full join main.df2 using(',paste(collapse=',',key),')')) ## can't do full join proper, not yet supported; possible to hack it with a union of left joins, but too unreasonable to include in testing
)),
plyr=list(testFuncs=list(
inner=function(df1,df2,key) join(df1,df2,key,'inner'),
left =function(df1,df2,key) join(df1,df2,key,'left'),
right=function(df1,df2,key) join(df1,df2,key,'right'),
full =function(df1,df2,key) join(df1,df2,key,'full')
)),
dplyr=list(testFuncs=list(
inner=function(df1,df2,key) inner_join(df1,df2,key),
left =function(df1,df2,key) left_join(df1,df2,key),
right=function(df1,df2,key) right_join(df1,df2,key),
full =function(df1,df2,key) full_join(df1,df2,key)
)),
in.place=list(testFuncs=list(
left =function(df1,df2,key) { cns <- setdiff(names(df2),key); df1[cns] <- df2[match(df1[,key],df2[,key]),cns]; df1; },
right=function(df1,df2,key) { cns <- setdiff(names(df1),key); df2[cns] <- df1[match(df2[,key],df1[,key]),cns]; df2; }
))
);
getSolTypes <- function() names(solSpecs);
getJoinTypes <- function() unique(unlist(lapply(solSpecs,function(x) names(x$testFuncs))));
getArgSpec <- function(argSpecs,key=NULL) if (is.null(key)) argSpecs$default else argSpecs[[key]];
initSqldf <- function() {
sqldf(); ## creates sqlite connection on first run, cleans up and closes existing connection otherwise
if (exists('sqldfInitFlag',envir=globalenv(),inherits=F) && sqldfInitFlag) { ## false only on first run
sqldf(); ## creates a new connection
} else {
assign('sqldfInitFlag',T,envir=globalenv()); ## set to true for the one and only time
}; ## end if
invisible();
}; ## end initSqldf()
setUpBenchmarkCall <- function(argSpecs,joinType,solTypes=getSolTypes(),env=parent.frame()) {
## builds and returns a list of expressions suitable for passing to the list argument of microbenchmark(), and assigns variables to resolve symbol references in those expressions
callExpressions <- list();
nms <- character();
for (solType in solTypes) {
testFunc <- solSpecs[[solType]]$testFuncs[[joinType]];
if (is.null(testFunc)) next; ## this join type is not defined for this solution type
testFuncName <- paste0('tf.',solType);
assign(testFuncName,testFunc,envir=env);
argSpecKey <- solSpecs[[solType]]$argSpec;
argSpec <- getArgSpec(argSpecs,argSpecKey);
argList <- setNames(nm=names(argSpec$args),vector('list',length(argSpec$args)));
for (i in seq_along(argSpec$args)) {
argName <- paste0('tfa.',argSpecKey,i);
assign(argName,argSpec$args[[i]],envir=env);
argList[[i]] <- if (i%in%argSpec$copySpec) call('copy',as.symbol(argName)) else as.symbol(argName);
}; ## end for
callExpressions[[length(callExpressions)+1L]] <- do.call(call,c(list(testFuncName),argList),quote=T);
nms[length(nms)+1L] <- solType;
}; ## end for
names(callExpressions) <- nms;
callExpressions;
}; ## end setUpBenchmarkCall()
harmonize <- function(res) {
res <- as.data.frame(res); ## coerce to data.frame
for (ci in which(sapply(res,is.factor))) res[[ci]] <- as.character(res[[ci]]); ## coerce factor columns to character
for (ci in which(sapply(res,is.logical))) res[[ci]] <- as.integer(res[[ci]]); ## coerce logical columns to integer (works around sqldf quirk of munging logicals to integers)
##for (ci in which(sapply(res,inherits,'POSIXct'))) res[[ci]] <- as.double(res[[ci]]); ## coerce POSIXct columns to double (works around sqldf quirk of losing POSIXct class) ----- POSIXct doesn't work at all in sqldf.indexed
res <- res[order(names(res))]; ## order columns
res <- res[do.call(order,res),]; ## order rows
res;
}; ## end harmonize()
checkIdentical <- function(argSpecs,solTypes=getSolTypes()) {
for (joinType in getJoinTypes()) {
callExpressions <- setUpBenchmarkCall(argSpecs,joinType,solTypes);
if (length(callExpressions)<2L) next;
ex <- harmonize(eval(callExpressions[[1L]]));
for (i in seq(2L,len=length(callExpressions)-1L)) {
y <- harmonize(eval(callExpressions[[i]]));
if (!isTRUE(all.equal(ex,y,check.attributes=F))) {
ex <<- ex;
y <<- y;
solType <- names(callExpressions)[i];
stop(paste0('non-identical: ',solType,' ',joinType,'.'));
}; ## end if
}; ## end for
}; ## end for
invisible();
}; ## end checkIdentical()
testJoinType <- function(argSpecs,joinType,solTypes=getSolTypes(),metric=NULL,times=100L) {
callExpressions <- setUpBenchmarkCall(argSpecs,joinType,solTypes);
bm <- microbenchmark(list=callExpressions,times=times);
if (is.null(metric)) return(bm);
bm <- summary(bm);
res <- setNames(nm=names(callExpressions),bm[[metric]]);
attr(res,'unit') <- attr(bm,'unit');
res;
}; ## end testJoinType()
testAllJoinTypes <- function(argSpecs,solTypes=getSolTypes(),metric=NULL,times=100L) {
joinTypes <- getJoinTypes();
resList <- setNames(nm=joinTypes,lapply(joinTypes,function(joinType) testJoinType(argSpecs,joinType,solTypes,metric,times)));
if (is.null(metric)) return(resList);
units <- unname(unlist(lapply(resList,attr,'unit')));
res <- do.call(data.frame,c(list(join=joinTypes),setNames(nm=solTypes,rep(list(rep(NA_real_,length(joinTypes))),length(solTypes))),list(unit=units,stringsAsFactors=F)));
for (i in seq_along(resList)) res[i,match(names(resList[[i]]),names(res))] <- resList[[i]];
res;
}; ## end testAllJoinTypes()
testGrid <- function(makeArgSpecsFunc,sizes,overlaps,solTypes=getSolTypes(),joinTypes=getJoinTypes(),metric='median',times=100L) {
res <- expand.grid(size=sizes,overlap=overlaps,joinType=joinTypes,stringsAsFactors=F);
res[solTypes] <- NA_real_;
res$unit <- NA_character_;
for (ri in seq_len(nrow(res))) {
size <- res$size[ri];
overlap <- res$overlap[ri];
joinType <- res$joinType[ri];
argSpecs <- makeArgSpecsFunc(size,overlap);
checkIdentical(argSpecs,solTypes);
cur <- testJoinType(argSpecs,joinType,solTypes,metric,times);
res[ri,match(names(cur),names(res))] <- cur;
res$unit[ri] <- attr(cur,'unit');
}; ## end for
res;
}; ## end testGrid()
вот эталон примера, основанного на OP, который я продемонстрировал ранее:
## OP's example, supplemented with a non-matching row in df2
argSpecs <- list(
default=list(copySpec=1:2,args=list(
df1 <- data.frame(CustomerId=1:6,Product=c(rep('Toaster',3L),rep('Radio',3L))),
df2 <- data.frame(CustomerId=c(2L,4L,6L,7L),State=c(rep('Alabama',2L),'Ohio','Texas')),
'CustomerId'
)),
data.table.unkeyed=list(copySpec=1:2,args=list(
as.data.table(df1),
as.data.table(df2),
'CustomerId'
)),
data.table.keyed=list(copySpec=1:2,args=list(
setkey(as.data.table(df1),CustomerId),
setkey(as.data.table(df2),CustomerId)
))
);
## prepare sqldf
initSqldf();
sqldf('create index df1_key on df1(CustomerId);'); ## upload and create an sqlite index on df1
sqldf('create index df2_key on df2(CustomerId);'); ## upload and create an sqlite index on df2
checkIdentical(argSpecs);
testAllJoinTypes(argSpecs,metric='median');
## join merge data.table.unkeyed data.table.keyed sqldf.unindexed sqldf.indexed plyr dplyr in.place unit
## 1 inner 644.259 861.9345 923.516 9157.752 1580.390 959.2250 270.9190 NA microseconds
## 2 left 713.539 888.0205 910.045 8820.334 1529.714 968.4195 270.9185 224.3045 microseconds
## 3 right 1221.804 909.1900 923.944 8930.668 1533.135 1063.7860 269.8495 218.1035 microseconds
## 4 full 1302.203 3107.5380 3184.729 NA NA 1593.6475 270.7055 NA microseconds
здесь я ориентируюсь на случайные входные данные, пробуя разные масштабы и разные шаблоны перекрытия ключей между двумя входными таблицами. Этот тест по-прежнему ограничен случаем целочисленного ключа с одним столбцом. Кроме того, чтобы гарантировать, что решение на месте будет работать как для левого, так и для правого объединения одних и тех же таблиц, все случайные тесты использование данных 0..1:0..1
кардинальность. Это реализуется путем выборки без замены ключевого столбца первых данных.frame при генерации ключевого столбца вторых данных.рамка.
makeArgSpecs.singleIntegerKey.optionalOneToOne <- function(size,overlap) {
com <- as.integer(size*overlap);
argSpecs <- list(
default=list(copySpec=1:2,args=list(
df1 <- data.frame(id=sample(size),y1=rnorm(size),y2=rnorm(size)),
df2 <- data.frame(id=sample(c(if (com>0L) sample(df1$id,com) else integer(),seq(size+1L,len=size-com))),y3=rnorm(size),y4=rnorm(size)),
'id'
)),
data.table.unkeyed=list(copySpec=1:2,args=list(
as.data.table(df1),
as.data.table(df2),
'id'
)),
data.table.keyed=list(copySpec=1:2,args=list(
setkey(as.data.table(df1),id),
setkey(as.data.table(df2),id)
))
);
## prepare sqldf
initSqldf();
sqldf('create index df1_key on df1(id);'); ## upload and create an sqlite index on df1
sqldf('create index df2_key on df2(id);'); ## upload and create an sqlite index on df2
argSpecs;
}; ## end makeArgSpecs.singleIntegerKey.optionalOneToOne()
## cross of various input sizes and key overlaps
sizes <- c(1e1L,1e3L,1e6L);
overlaps <- c(0.99,0.5,0.01);
system.time({ res <- testGrid(makeArgSpecs.singleIntegerKey.optionalOneToOne,sizes,overlaps); });
## user system elapsed
## 22024.65 12308.63 34493.19
я написал код для создания лог-лог графиков вышеуказанных результатов. Я создал отдельный график для каждого процента перекрытия. Это немного загромождено, но мне нравится, что все типы решений и типы соединений представлены в одном сюжете.
я использовал интерполяцию сплайна для показать плавную кривую для каждой комбинации типа решения / соединения, нарисованную отдельными символами pch. Тип соединения захватывается символом pch, используя точку для внутренней, левой и правой угловых скобок для левой и правой, и Алмаз для полной. Тип решения фиксируется цветом, как показано в легенде.
plotRes <- function(res,titleFunc,useFloor=F) {
solTypes <- setdiff(names(res),c('size','overlap','joinType','unit')); ## derive from res
normMult <- c(microseconds=1e-3,milliseconds=1); ## normalize to milliseconds
joinTypes <- getJoinTypes();
cols <- c(merge='purple',data.table.unkeyed='blue',data.table.keyed='#00DDDD',sqldf.unindexed='brown',sqldf.indexed='orange',plyr='red',dplyr='#00BB00',in.place='magenta');
pchs <- list(inner=20L,left='<',right='>',full=23L);
cexs <- c(inner=0.7,left=1,right=1,full=0.7);
NP <- 60L;
ord <- order(decreasing=T,colMeans(res[res$size==max(res$size),solTypes],na.rm=T));
ymajors <- data.frame(y=c(1,1e3),label=c('1ms','1s'),stringsAsFactors=F);
for (overlap in unique(res$overlap)) {
x1 <- res[res$overlap==overlap,];
x1[solTypes] <- x1[solTypes]*normMult[x1$unit]; x1$unit <- NULL;
xlim <- c(1e1,max(x1$size));
xticks <- 10^seq(log10(xlim[1L]),log10(xlim[2L]));
ylim <- c(1e-1,10^((if (useFloor) floor else ceiling)(log10(max(x1[solTypes],na.rm=T))))); ## use floor() to zoom in a little more, only sqldf.unindexed will break above, but xpd=NA will keep it visible
yticks <- 10^seq(log10(ylim[1L]),log10(ylim[2L]));
yticks.minor <- rep(yticks[-length(yticks)],each=9L)*1:9;
plot(NA,xlim=xlim,ylim=ylim,xaxs='i',yaxs='i',axes=F,xlab='size (rows)',ylab='time (ms)',log='xy');
abline(v=xticks,col='lightgrey');
abline(h=yticks.minor,col='lightgrey',lty=3L);
abline(h=yticks,col='lightgrey');
axis(1L,xticks,parse(text=sprintf('10^%d',as.integer(log10(xticks)))));
axis(2L,yticks,parse(text=sprintf('10^%d',as.integer(log10(yticks)))),las=1L);
axis(4L,ymajors$y,ymajors$label,las=1L,tick=F,cex.axis=0.7,hadj=0.5);
for (joinType in rev(joinTypes)) { ## reverse to draw full first, since it's larger and would be more obtrusive if drawn last
x2 <- x1[x1$joinType==joinType,];
for (solType in solTypes) {
if (any(!is.na(x2[[solType]]))) {
xy <- spline(x2$size,x2[[solType]],xout=10^(seq(log10(x2$size[1L]),log10(x2$size[nrow(x2)]),len=NP)));
points(xy$x,xy$y,pch=pchs[[joinType]],col=cols[solType],cex=cexs[joinType],xpd=NA);
}; ## end if
}; ## end for
}; ## end for
## custom legend
## due to logarithmic skew, must do all distance calcs in inches, and convert to user coords afterward
## the bottom-left corner of the legend will be defined in normalized figure coords, although we can convert to inches immediately
leg.cex <- 0.7;
leg.x.in <- grconvertX(0.275,'nfc','in');
leg.y.in <- grconvertY(0.6,'nfc','in');
leg.x.user <- grconvertX(leg.x.in,'in');
leg.y.user <- grconvertY(leg.y.in,'in');
leg.outpad.w.in <- 0.1;
leg.outpad.h.in <- 0.1;
leg.midpad.w.in <- 0.1;
leg.midpad.h.in <- 0.1;
leg.sol.w.in <- max(strwidth(solTypes,'in',leg.cex));
leg.sol.h.in <- max(strheight(solTypes,'in',leg.cex))*1.5; ## multiplication factor for greater line height
leg.join.w.in <- max(strheight(joinTypes,'in',leg.cex))*1.5; ## ditto
leg.join.h.in <- max(strwidth(joinTypes,'in',leg.cex));
leg.main.w.in <- leg.join.w.in*length(joinTypes);
leg.main.h.in <- leg.sol.h.in*length(solTypes);
leg.x2.user <- grconvertX(leg.x.in+leg.outpad.w.in*2+leg.main.w.in+leg.midpad.w.in+leg.sol.w.in,'in');
leg.y2.user <- grconvertY(leg.y.in+leg.outpad.h.in*2+leg.main.h.in+leg.midpad.h.in+leg.join.h.in,'in');
leg.cols.x.user <- grconvertX(leg.x.in+leg.outpad.w.in+leg.join.w.in*(0.5+seq(0L,length(joinTypes)-1L)),'in');
leg.lines.y.user <- grconvertY(leg.y.in+leg.outpad.h.in+leg.main.h.in-leg.sol.h.in*(0.5+seq(0L,length(solTypes)-1L)),'in');
leg.sol.x.user <- grconvertX(leg.x.in+leg.outpad.w.in+leg.main.w.in+leg.midpad.w.in,'in');
leg.join.y.user <- grconvertY(leg.y.in+leg.outpad.h.in+leg.main.h.in+leg.midpad.h.in,'in');
rect(leg.x.user,leg.y.user,leg.x2.user,leg.y2.user,col='white');
text(leg.sol.x.user,leg.lines.y.user,solTypes[ord],cex=leg.cex,pos=4L,offset=0);
text(leg.cols.x.user,leg.join.y.user,joinTypes,cex=leg.cex,pos=4L,offset=0,srt=90); ## srt rotation applies *after* pos/offset positioning
for (i in seq_along(joinTypes)) {
joinType <- joinTypes[i];
points(rep(leg.cols.x.user[i],length(solTypes)),ifelse(colSums(!is.na(x1[x1$joinType==joinType,solTypes[ord]]))==0L,NA,leg.lines.y.user),pch=pchs[[joinType]],col=cols[solTypes[ord]]);
}; ## end for
title(titleFunc(overlap));
readline(sprintf('overlap %.02f',overlap));
}; ## end for
}; ## end plotRes()
titleFunc <- function(overlap) sprintf('R merge solutions: single-column integer key, 0..1:0..1 cardinality, %d%% overlap',as.integer(overlap*100));
plotRes(res,titleFunc,T);
здесь второй крупномасштабный Эталон, который является более тяжелым, в отношении количества и типов ключевых столбцов, а также мощности. Для этого бенчмарка я использую три ключевых столбца: один символ, одно целое число и один логический, без ограничений по мощности (то есть 0..*:0..*
). (В общем случае не рекомендуется определять ключевые столбцы с двойными или сложными значениями из-за осложнений сравнения с плавающей запятой, и в основном никто никогда не использует необработанный тип, тем более для ключевых столбцов, поэтому я не включил эти типы в ключевые столбцы. Кроме того, для информации я изначально пытался использовать четыре ключевых столбца, включая ключевой столбец POSIXct, но тип POSIXct не играл хорошо с sqldf.indexed
решение по какой-то причине, возможно, из-за аномалий сравнения с плавающей запятой, поэтому я удалил его.)
makeArgSpecs.assortedKey.optionalManyToMany <- function(size,overlap,uniquePct=75) {
## number of unique keys in df1
u1Size <- as.integer(size*uniquePct/100);
## (roughly) divide u1Size into bases, so we can use expand.grid() to produce the required number of unique key values with repetitions within individual key columns
## use ceiling() to ensure we cover u1Size; will truncate afterward
u1SizePerKeyColumn <- as.integer(ceiling(u1Size^(1/3)));
## generate the unique key values for df1
keys1 <- expand.grid(stringsAsFactors=F,
idCharacter=replicate(u1SizePerKeyColumn,paste(collapse='',sample(letters,sample(4:12,1L),T))),
idInteger=sample(u1SizePerKeyColumn),
idLogical=sample(c(F,T),u1SizePerKeyColumn,T)
##idPOSIXct=as.POSIXct('2016-01-01 00:00:00','UTC')+sample(u1SizePerKeyColumn)
)[seq_len(u1Size),];
## rbind some repetitions of the unique keys; this will prepare one side of the many-to-many relationship
## also scramble the order afterward
keys1 <- rbind(keys1,keys1[sample(nrow(keys1),size-u1Size,T),])[sample(size),];
## common and unilateral key counts
com <- as.integer(size*overlap);
uni <- size-com;
## generate some unilateral keys for df2 by synthesizing outside of the idInteger range of df1
keys2 <- data.frame(stringsAsFactors=F,
idCharacter=replicate(uni,paste(collapse='',sample(letters,sample(4:12,1L),T))),
idInteger=u1SizePerKeyColumn+sample(uni),
idLogical=sample(c(F,T),uni,T)
##idPOSIXct=as.POSIXct('2016-01-01 00:00:00','UTC')+u1SizePerKeyColumn+sample(uni)
);
## rbind random keys from df1; this will complete the many-to-many relationship
## also scramble the order afterward
keys2 <- rbind(keys2,keys1[sample(nrow(keys1),com,T),])[sample(size),];
##keyNames <- c('idCharacter','idInteger','idLogical','idPOSIXct');
keyNames <- c('idCharacter','idInteger','idLogical');
## note: was going to use raw and complex type for two of the non-key columns, but data.table doesn't seem to fully support them
argSpecs <- list(
default=list(copySpec=1:2,args=list(
df1 <- cbind(stringsAsFactors=F,keys1,y1=sample(c(F,T),size,T),y2=sample(size),y3=rnorm(size),y4=replicate(size,paste(collapse='',sample(letters,sample(4:12,1L),T)))),
df2 <- cbind(stringsAsFactors=F,keys2,y5=sample(c(F,T),size,T),y6=sample(size),y7=rnorm(size),y8=replicate(size,paste(collapse='',sample(letters,sample(4:12,1L),T)))),
keyNames
)),
data.table.unkeyed=list(copySpec=1:2,args=list(
as.data.table(df1),
as.data.table(df2),
keyNames
)),
data.table.keyed=list(copySpec=1:2,args=list(
setkeyv(as.data.table(df1),keyNames),
setkeyv(as.data.table(df2),keyNames)
))
);
## prepare sqldf
initSqldf();
sqldf(paste0('create index df1_key on df1(',paste(collapse=',',keyNames),');')); ## upload and create an sqlite index on df1
sqldf(paste0('create index df2_key on df2(',paste(collapse=',',keyNames),');')); ## upload and create an sqlite index on df2
argSpecs;
}; ## end makeArgSpecs.assortedKey.optionalManyToMany()
sizes <- c(1e1L,1e3L,1e5L); ## 1e5L instead of 1e6L to respect more heavy-duty inputs
overlaps <- c(0.99,0.5,0.01);
solTypes <- setdiff(getSolTypes(),'in.place');
system.time({ res <- testGrid(makeArgSpecs.assortedKey.optionalManyToMany,sizes,overlaps,solTypes); });
## user system elapsed
## 38895.50 784.19 39745.53
результирующие графики, используя тот же код построения, заданный сверху:
titleFunc <- function(overlap) sprintf('R merge solutions: character/integer/logical key, 0..*:0..* cardinality, %d%% overlap',as.integer(overlap*100));
plotRes(res,titleFunc,F);
- используя
merge
функция мы можем выбрать переменную левой таблицы или правой таблицы, так же, как мы все знакомы с инструкцией select в SQL (например : выберите a.* - ... ..или выберите b.* от .....) -
мы должны добавить дополнительный код, который будет подмножество из вновь присоединенной таблицы .
SQL: -
select a.* from df1 a inner join df2 b on a.CustomerId=b.CustomerId
R: -
merge(df1, df2, by.x = "CustomerId", by.y = "CustomerId")[,names(df1)]
одинаково
SQL: -
select b.* from df1 a inner join df2 b on a.CustomerId=b.CustomerId
R: -
merge(df1, df2, by.x = "CustomerId", by.y = "CustomerId")[,names(df2)]
для внутреннего соединения на всех столбцах вы также можете использовать fintersect
С данные.таблицаили intersect
С dplyr-пакет в качестве альтернативы merge
без указания by
-столбцы. это даст строки, которые равны между двумя кадрами данных:
merge(df1, df2)
# V1 V2
# 1 B 2
# 2 C 3
dplyr::intersect(df1, df2)
# V1 V2
# 1 B 2
# 2 C 3
data.table::fintersect(setDT(df1), setDT(df2))
# V1 V2
# 1: B 2
# 2: C 3
пример:
df1 <- data.frame(V1 = LETTERS[1:4], V2 = 1:4)
df2 <- data.frame(V1 = LETTERS[2:3], V2 = 2:3)
обновить присоединиться. еще одно важное соединение в стиле SQL-это"обновить присоединиться " где столбцы в одной таблице обновляются (или создаются) с помощью другой таблицы.
изменение таблиц примеров OP...
sales = data.frame(
CustomerId = c(1, 1, 1, 3, 4, 6),
Year = 2000:2005,
Product = c(rep("Toaster", 3), rep("Radio", 3))
)
cust = data.frame(
CustomerId = c(1, 1, 4, 6),
Year = c(2001L, 2002L, 2002L, 2002L),
State = state.name[1:4]
)
sales
# CustomerId Year Product
# 1 2000 Toaster
# 1 2001 Toaster
# 1 2002 Toaster
# 3 2003 Radio
# 4 2004 Radio
# 6 2005 Radio
cust
# CustomerId Year State
# 1 2001 Alabama
# 1 2002 Alaska
# 4 2002 Arizona
# 6 2002 Arkansas
Предположим, мы хотим добавить состояние клиента из cust
в таблице покупок, sales
, игнорируя столбец год. С базой R мы можем идентифицировать соответствующие строки, а затем копировать значения:
sales$State <- cust$State[ match(sales$CustomerId, cust$CustomerId) ]
# CustomerId Year Product State
# 1 2000 Toaster Alabama
# 1 2001 Toaster Alabama
# 1 2002 Toaster Alabama
# 3 2003 Radio <NA>
# 4 2004 Radio Arizona
# 6 2005 Radio Arkansas
# cleanup for the next example
sales$State <- NULL
как можно видел здесь, match
выбирает первую соответствующую строку из таблицы customer.
обновить соединение с несколькими столбцами. подход выше работает хорошо, когда мы присоединяемся только к одной колонке и удовлетворены первым совпадением. Предположим, мы хотим, чтобы год измерения в таблице клиентов соответствовал году продажи.
как упоминается в ответе @bgoldst,match
С interaction
может быть вариантом для этого случая. Более прямолинейно, один можно использовать данные.таблица:
library(data.table)
setDT(sales); setDT(cust)
sales[, State := cust[sales, on=.(CustomerId, Year), x.State]]
# CustomerId Year Product State
# 1: 1 2000 Toaster <NA>
# 2: 1 2001 Toaster Alabama
# 3: 1 2002 Toaster Alaska
# 4: 3 2003 Radio <NA>
# 5: 4 2004 Radio <NA>
# 6: 6 2005 Radio <NA>
# cleanup for next example
sales[, State := NULL]
обновление подвижного соединения. альтернативно, мы можем хотеть принять последнее государство клиент был найден в:
sales[, State := cust[sales, on=.(CustomerId, Year), roll=TRUE, x.State]]
# CustomerId Year Product State
# 1: 1 2000 Toaster <NA>
# 2: 1 2001 Toaster Alabama
# 3: 1 2002 Toaster Alaska
# 4: 3 2003 Radio <NA>
# 5: 4 2004 Radio Arizona
# 6: 6 2005 Radio Arkansas
три примера прежде всего сосредоточены на создании/добавлении нового столбца. См.соответствующий R FAQ для примера обновления / изменения существующего столбца.