Как построить дендрограммы с большими наборами данных?

Я использую пакет ape (анализ филогенетики и эволюции) в R, который имеет функциональность рисования дендрограммы. Я использую следующие команды для чтения данных в формате Newick и рисования дендрограммы с помощью функции plot:

library("ape")

gcPhylo <-read.tree(file = "gc.tree")

plot(gcPhylo, show.node.label = TRUE)

поскольку набор данных довольно большой, невозможно увидеть какие-либо детали на нижних уровнях дерева. Я вижу только черные области, но никаких деталей. Я вижу лишь несколько уровней. сверху, а потом никаких подробностей.

мне было интересно, есть ли возможность масштабирования функции графика. Я попытался ограничить область с помощью xLim и yLim, однако они просто ограничивают область и не масштабируют, чтобы сделать детали видимыми. Либо масштабирование, либо отображение деталей без масштабирования решит мою проблему.

Я также признателен за знание любого другого пакета, функции или инструмента, которые помогут мне преодолеть проблему.

спасибо.

21
dendrogram plot r zoom

2 ответов

на cut функция, описанная в другом ответе, является очень хорошим решением; если вы хотите сохранить все дерево на одной странице для интерактивного исследования, вы также можете построить график на большой странице в формате PDF.

результирующий PDF векторизован, так что вы можете увеличить близко с вашим любимым PDF viewer без потери разрешения.

вот пример того, как направить вывод графика в PDF:

# Open a PDF for plotting; units are inches by default
pdf("/path/to/a/pdf/file.pdf", width=40, height=15)

# Do some plotting
plot(gcPhylo)

# Close the PDF file's associated graphics device (necessary to finalize the output)
dev.off()
29

можно cut дендрограмма на заданной высоте и построение элементов:

сначала создайте кластеризацию с помощью встроенного набора данных USArrests. Затем преобразуйте в dendrogram:

hc <- hclust(dist(USArrests))
hcd <- as.dendrogram(hc)

далее используйте cut.dendrogram вырезать на заданной высоте, в этом случае h=75. Это создает список дендрограммы для upper бит распила, и список dendograms, по одному для каждой branch ниже:

par(mfrow=c(3,1))

plot(hcd, main="Main")
plot(cut(hcd, h=75)$upper, 
     main="Upper tree of cut at h=75")
plot(cut(hcd, h=75)$lower[[2]], 
     main="Second branch of lower tree with cut at h=75")

enter image description here

46