как скрыть файл на сервере?

Вы, видимо, испорчены виндовскими трюками и думаете поперек логики.
FTP-сервер показывает FTP-клиенту ту папку, куда пользователь имеет доступ, и те файлы в ней, к которым пользователь имеет доступ.
Никаких хитрых подводных камней и костылей.
Не хотите давать пользователю файлы - не давайте ему доступ к ним. Других вариантов нет и не нужно.

Подсказка: можно создать нового пользователя, имеющего именно те права, которые вам нужны.

Файлы с названием, начинающимся с точки по идеи не должны быть видны, но во многих фтп клиентах их можно увидеть, по крайней мере в файлзиле я вижу =)
Может тогда стоит сделать разграничение прав доступа?