Как создать и применить CSS к javascript Alert

вы не можете. alert() просто показывает собственное окно сообщения, поэтому оно будет выглядеть так, как это делает ОС.

В общем, вы не должны использовать коробки начеку, потому что они раздражают и они блокируют весь браузер.* Вы всегда можете создать поддельный окно оповещения с JavaScript, который достигает того же эффекта. Тогда вы бы стиле ты хочешь с нормальным УСБ. Если вы используете jQuery, есть SimpleModal (демо).

^{* современные браузеры, как правило, блокируют только окно, которое породило предупреждение, но они все еще раздражают, и вы все равно не должны их использовать. :)}