как установить пакеты R "RNetCDF" и "ncdf" на Ubuntu?

Я хотел бы использовать пакеты Rnetcdf и ncdf в Ubuntu.

когда я пытаюсь install.packages('RNetCDF') или install.packages('ncdf'), Я получаю подобные ошибки:

...
ncdf.c:3:20: fatal error: netcdf.h: No such file or directory
compilation terminated.
make: *** [ncdf.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘ncdf’
...
Warning message:
In install.packages("ncdf") :
  installation of package ‘ncdf’ had non-zero exit status

пакеты libnetcdf6 и netcdf-bin из репозитория Ubuntu установлены. Мне нужно сделать что-то еще?

8
deb installation netcdf r

3 ответов

вам нужно установить -dev из этих пакетов, чтобы получить заголовки, необходимые для компиляции пакета. В этом случае вам нужно libnetcdf-dev, udunits-bin и libudunits2-dev

13

в моем случае необходим пакет libudunits2-dev.

sudo apt-get install libudunits2-dev

поскольку я установил NetCDF из источника, мне пришлось вручную указать местоположения lib и включить папки

install.packages("/home/user/Downloads/RNetCDF_1.6.1-2.tar.gz", 
repos = NULL,
type="source",
dependencies=FALSE,
configure.args="--with-netcdf-include=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/include --with-netcdf-lib=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/lib")
6

просто уточнить, так как ваша первоначальная проблема находится в R, и исправление применяется за пределами R. Я изначально пытался сделать

установить.пакеты ("libnetcdf-dev"), которые не работали.

вместо этого извне R: sudo apt-get install libnetcdf-dev

это исправило это для меня.

0