Плагины maven хранятся там, где

где хранятся Плагины maven? в локальном репозитории?

да. Плагины загружаются из удаленного репозитория и хранятся в локальном репозитории. Точное конечное местоположение, таким образом, будет зависеть от groupId плагинов (основные Плагины заканчиваются в ~/.m2/repository/org/apache/maven/plugins здесь ~/ означает ваш домашний каталог, например, в windows server 2016 он хранится по этому пути C:\Users\YourUserName\.m2)

что произойдет, если вы строите свой приложение с Eclipse?

Мда... Ничего особенного.

хранит ли он Плагины внутри папки eclipse / plugins или все еще в локальном репозитории?

нет, Maven (встроенный или внешний) использует местоположение, определенное в <localRepository> элемент глобального или пользователя настройки (по умолчанию ~/.m2/repository), если вы обошли Локальный Репозиторий путь в окно > Настройки > Maven > Настройки Пользователя.