Преобразование фрейма данных в объект класса "dist" без фактического вычисления расстояний в R

У меня есть фрейм данных с расстояниями 

df<-data.frame(site.x=c("A","A","A","B","B","C"),   
site.y=c("B","C","D","C","D","D"),Distance=c(67,57,64,60,67,60))

Мне нужно преобразовать это в объект класса "dist", но мне не нужно вычислять расстояние, поэтому я использую функцию dist (). Есть советы?

8
distance r

4 ответов

У меня была аналогичная проблема не так давно и решила ее так:

n <- max(table(df$site.x)) + 1  # +1,  so we have diagonal of 
res <- lapply(with(df, split(Distance, df$site.x)), function(x) c(rep(NA, n - length(x)), x))
res <- do.call("rbind", res)
res <- rbind(res, rep(NA, n))
res <- as.dist(t(res))
3

ничто не мешает вам создать объект dist самостоятельно. Это просто вектор расстояний с атрибутами, которые настраивают метки, размер и т. д.

используя df это как

dij2 <- with(df, Distance)
nams <- with(df, unique(c(as.character(site.x), as.character(site.y))))
attributes(dij2) <- with(df, list(Size = length(nams),
                                  Labels = nams,
                                  Diag = FALSE,
                                  Upper = FALSE,
                                  method = "user"))
class(dij2) <- "dist"

или вы можете сделать это с помощью structure() напрямую:

dij3 <- with(df, structure(Distance,
                           Size = length(nams),
                           Labels = nams,
                           Diag = FALSE,
                           Upper = FALSE,
                           method = "user",
                           class = "dist"))

это дает:

> df
  site.x site.y Distance
1      A      B       67
2      A      C       57
3      A      D       64
4      B      C       60
5      B      D       67
6      C      D       60
> dij2
   A  B  C
B 67      
C 57 60   
D 64 67 60
> dij3
   A  B  C
B 67      
C 57 60   
D 64 67 60

Примечание: выше не проверяйте, что данные находятся в правильном порядке. Убедитесь, что у вас есть данные в df в правильном порядке как и в примере; т. е. Сортировать по site.x затем site.y перед запуском кода я показываю.

13

?as.dist() должно помочь вам, хотя он ожидает матрицу в качестве ввода.

2

для людей, поступающих из google... Функция acast в библиотеке reshape2 намного проще для такого рода вещей.

library(reshape2)
acast(df, site.x ~ site.y, value.var='Distance', fun.aggregate = sum, margins=FALSE)
0