Программное создание таблиц уценки в R с помощью KnitR
Я только начинаю узнавать о KnitR и использовании Markdown при создании R-документов и отчетов. Это выглядит идеально для многих ежедневных отчетов, которые я должен делать со своей работой. Однако одна вещь, которую я не вижу, - это простой способ печати фреймов данных и таблиц с использованием форматирования Markdown (вроде xtable
, но с уценкой вместо LaTeX или HTML). Я знаю, что могу просто встроить вывод HTML из xtable, но мне было интересно, есть ли какие-либо Решения на основе уценки?
7 ответов
теперь knitr
(начиная с версии 1.3) пакет включает kable
функции для создания таблиц:
> library(knitr)
> kable(head(iris[,1:3]), format = "markdown")
| Sepal.Length| Sepal.Width| Petal.Length|
|-------------:|------------:|-------------:|
| 5,1| 3,5| 1,4|
| 4,9| 3,0| 1,4|
| 4,7| 3,2| 1,3|
| 4,6| 3,1| 1,5|
| 5,0| 3,6| 1,4|
| 5,4| 3,9| 1,7|
обновлено: если вы получаете необработанную уценку в документе, попробуйте setup results = "asis"
опция chunk.
два пакета, которые будут делать это пособничать
library(devtools)
install_github('pander', 'Rapporter')
или ascii
pander
немного другой подход к построению отчета (но может быть полезен для этой функции).
ascii
позволит print
С type = 'pandoc
(или различные другие вкусы markdown)
library(ascii)
print(ascii(head(iris[,1:3])), type = 'pandoc')
**Sepal.Length** **Sepal.Width** **Petal.Length**
--- ------------------ ----------------- ------------------
1 5.10 3.50 1.40
2 4.90 3.00 1.40
3 4.70 3.20 1.30
4 4.60 3.10 1.50
5 5.00 3.60 1.40
6 5.40 3.90 1.70
--- ------------------ ----------------- ------------------
обратите внимание, что в обоих этих случаях он направлен на использование pandoc
чтобы конвертировать из markdown в нужный тип документа, однако, используя style='rmarkdown'
создаст таблицы, совместимые с этим markdown
пакет и встроенное преобразование в rstudio
.
просто хотел обновить это с тем, что я решил сделать. Я использую hwriter
пакет прямо сейчас, чтобы распечатать таблицы и использовать row.*
и col.*
функции для размещения классов CSS на разных элементах. Затем я написал пользовательский CSS, чтобы сделать мой дисплей, как я хотел. Итак, вот пример, если кто-то еще имеет дело с чем-то подобным.
во-первых, создайте файл, который будет делать knitting
и измените уценку на HTML:
FILE: file_knit.r
#!/usr/bin/env Rscript
library(knitr)
library(markdown)
knit("file.Rmd")
markdownToHTML("file.md","file.html",stylesheet="~/custom.css")
далее создать фактический файл Markdown:
FILE: file.Rmd
Report of Fruit vs. Animal Choices
==================================
This is a report of fruit vs. animal choices.
```{r echo=FALSE,results='asis'}
library(hwriter)
set.seed(9850104)
my.df <- data.frame(Var1=sample(x=c("Apple","Orange","Banana"),size=40,replace=TRUE),
Var2=sample(x=c("Dog","Cat","Bunny"),size=40,replace=TRUE))
tbl1 <- table(my.df$Var1,my.df$Var2)
tbl1 <- cbind(tbl1,rowSums(tbl1))
tbl1 <- rbind(tbl1,colSums(tbl1))
colnames(tbl1)[4] <- "TOTAL"
rownames(tbl1)[4] <- "TOTAL"
# Because I used results='asis' for this chunk, I can just use cat() and hwrite() to
# write out the table in HTML. Using hwrite()'s row.* function, I can assign classes
# to the various table elements.
cat(hwrite(tbl1,
border=NA,
table.class="t1",
row.class=list(c("header col_first","header col","header col","header col", "header col_last"),
c("col_first","col","col","col","col_last"),
c("col_first","col","col","col","col_last"),
c("col_first","col","col","col","col_last"),
c("footer col_first","footer col","footer col","footer col","footer col_last"))))
```
наконец, просто создайте пользовательский файл CSS.
FILE: custom.css
body {
font-family: sans-serif;
background-color: white;
font-size: 12px;
margin: 20px;
}
h1 {font-size:1.5em;}
table {
border: solid;
border-color: black;
border-width: 2px;
border-collapse: collapse;
margin-bottom: 20px;
text-align: center;
padding: 0px;
}
.t1 .header {
color: white;
background-color: black;
border-bottom: solid;
border-color: black;
border-width: 2px;
font-weight: bold;
}
.t1 .footer {
border-top: solid;
border-color: black;
border-width: 2px;
}
.t1 .col_first {
border-right: solid;
border-color: black;
border-width: 2px;
text-align: left;
font-weight: bold;
width: 75px;
}
.t1 .col {
width: 50px;
}
.t1 .col_last {
width: 50px;
border-left: solid;
border-color: black;
border-width: 2px;
}
выполнения ./file_knit.r
дает мне файл.HTML, который выглядит так:
Итак, надеюсь, это может быть полезно для других, кто хочет немного больше форматирования в уценке вывода!
есть функции в pander
пакет:
> library(pander)
> pandoc.table(head(iris)[, 1:3])
-------------------------------------------
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length
-------------- ------------- --------------
5.1 3.5 1.4
4.9 3 1.4
4.7 3.2 1.3
4.6 3.1 1.5
5 3.6 1.4
5.4 3.9 1.7
-------------------------------------------
не очень трудно сделать свою собственную индивидуальную функцию. Вот очень простое доказательство концепции для создания таблицы rmarkdown data.frame
:
rmarkdownTable <- function(df){
cat(paste(names(df), collapse = "|"))
cat("\n")
cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
cat("\n")
for(i in 1:nrow(df)){
cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
cat("\n")
}
invisible(NULL)
}
In .Документ Rmd вы бы использовали функцию с results = 'asis'
:
```{r, results = 'asis'}
rmarkdownTable <- function(df){
cat(paste(names(df), collapse = "|"))
cat("\n")
cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
cat("\n")
for(i in 1:nrow(df)){
cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
cat("\n")
}
invisible(NULL)
}
rmarkdownTable(head(iris))
```
приведенный выше код даст вам следующий рисунок (в примере это вывод pdf, но поскольку таблица находится в markdwon, вы также можете связать в html или word).
Отсюда-и чтение других peoples code - вы можете понять, как манипулировать текстом для создания нужной таблицы и создания более персонализированных функций.
используйте комбинацию knitr:: kable и xtable в вашем документе уценки.
library("knitr","xtable")
для простых данных.кадр -
kable(head(mtcars[,1:4]),format="markdown")
kable(head(mtcars[,1:4]),format="pandoc",caption="Title of the table")
format="pandoc"
позволяет больше опций, таких как заголовок.
теперь комбинацию модель резюме.
data(tli)
fm1 <- aov(tlimth ~ sex + ethnicty + grade + disadvg, data=tli)
kable(xtable(fm1), caption = "Annova table")
еще больше вариантов смотрите на stargazer
пакета вместо xtable
.
чтобы написать / создать таблицы уценки в R, вы также можете использовать MarkdownReports' MarkDown_Table_writer_DF_RowColNames()
или MarkDown_Table_writer_NamedVector()
функции. Вы просто передаете фрейм данных / матрицу с именами измерений или вектор с именами, и он анализирует и записывает таблицу в формате Markdown.